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本研究以培矮64S（缩写为PA64S）×日本晴（Nipponbare,以下简称NIPP）的F2群体为作图群体,构建了一张水稻SSR连锁图,定位了一些新的SSR标记,并采用区间作图法对水稻分蘖数、株高、抽穗期、齐穗期、结实率、千粒重等18个重要农艺性状进行了QTL定位分析,获得了以下主要结果: 1、以（PA64S×NIPP）F2为作图群体（180个单株）构建了一张包含93个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖水稻基因组1602.5cM,标记间平均距离17.23cM。 2、在该图谱上定位了48个本实验室开发的SSR标记,分别定位在第1、2、3、4、5、6、8、9、11、12染色体上。其中,第1、3和11染色体上较多,分别定位了12、7和7个;第2、4、5、6、8、9和12条染色体上分别定位了2、4、5、2、4、2和3个。 3、所考察的PA64S、NIPP两个亲本及F2群体的18个性状中,分蘖数、有效分蘖数、株高、有效穗数、剑叶长、穗着粒数、实粒数、结实率、粒重、穗着粒密度、粒长、粒宽、粒厚,以及谷粒长宽比等14个性状在2个亲本之间都存在较大差异;分蘖率、抽穗期、齐穗期及穗长等4个性状在双亲之间差异不明显,但在F2群体中存在明显分离。多数性状在群体中都呈连续的正态分布,各个性状之间存在着极其复杂的相关关系。 4、利用由PA64S×NIPP构建的分子连锁图谱,运用区间作图法对水稻的农艺性状进行了2年2点的QTL定位分析。在F2群体中共检测了18个性状,其中有14个性状检测到28个QTLs,分布在9条染色体的15个区间,没有检测到抽穗期、齐穗期、穗长、粒厚等4个性状的QTLs。从F2:3群体选取18个性状中的7个性状重复进行QTL定位分析,有5个性状检测到11个QTLs（其中3个株高的QTLs为重复检测到的QTLs）,分布在8条染色体的9个区间,仍然没有检测到控制抽穗期和齐穗期的QTLs。在这35个QTLs中,tn1、ph1、ph2、ph4、ph5、fl2、rlw4、rlw5等8个QTLs的贡献率较大（超过20%）,属主效基因,其余27个QTLs的贡献率较小（0—19.9%）,属微效基因。 （1）与分蘖性状有关的QTL定位:2个控制分蘖数的QTLs—tn1、tn（4）位于12染色体上,贡献率分别为54.9%、7.7%;2个控制有效分蘖的QTLs—etn1、etn（4）1分别位于5、4染色体,贡献率分别为7.6%、12.4%;3个控制分蘖率的QTLs—pt1、pt（4）1、pt（4）2分别位于5、2、8染色体,贡献率都较小,分别为7.7%、8.1%、6.4%。 （2）株高的QTL定位:在F2群体检测到5个控制株高的QTLs—ph1、ph2、ph3、