【摘 要】
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宁乡猪是我国有名的地方猪种,其肉品质优良,营养丰富,肌内脂肪含量远高于外来品种,常作为母本与其他外来猪种进行杂交。本研究利用转录组测序技术对宁乡猪脂肪组织进行测序,并以Sus scrofa11.1(MJ2019 0122033 v1.0)为参考,利用生物信息学软件对测序数据进行不同时期差异表达基因的功能分析及可变剪接分析,并通过PCR以及TA克隆测序技术对可变剪接分析中筛选基因进行鉴定及分析,主要
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宁乡猪是我国有名的地方猪种,其肉品质优良,营养丰富,肌内脂肪含量远高于外来品种,常作为母本与其他外来猪种进行杂交。本研究利用转录组测序技术对宁乡猪脂肪组织进行测序,并以Sus scrofa11.1(MJ2019 0122033 v1.0)为参考,利用生物信息学软件对测序数据进行不同时期差异表达基因的功能分析及可变剪接分析,并通过PCR以及TA克隆测序技术对可变剪接分析中筛选基因进行鉴定及分析,主要结果如下:基于宁乡猪参考基因组对3个不同时期的宁乡猪脂肪组织的转录组测序数据进行分析,共鉴定出28010个基因与45922个转录本。差异表达分析分别鉴定到5149(30 d VS 90 d),5786(30 d VS 210 d),3223(90 d VS 210 d)个差异表达基因,这些差异表达基因主要富集于免疫、生物代谢以及脂肪代谢等相关GO项和信号通路上。针对脂肪代谢相关的差异表达基因进行筛选并进行基因互作分析,筛选到CD36、NCOR2与APOC3作为脂肪代谢相关候选基因。通过可变剪接分析从宁乡猪脂肪组织中鉴定到了282600个可变剪接事件,发生可变剪接的基因高达22758个,占所有基因的81.2%,其中外显子跳跃事件所占比例最高,平均比例达到75%以上,内含子保留所占比例最低,平均比例仅在3%。通过PCR以及TA克隆测序技术首次从宁乡猪上鉴定出ADARB1所产生的可变剪接转录本ADARB1-2,ADARB1-2是由于ADARB1 m RNA发生A-to-G编辑导致内含子47 bp滞留在了转录本所导致,ADARB1-2在肝中的表达量显著高于脾脏(P<0.05),在脂肪组织中时间表达谱中,210日龄极显著高于其余三个日龄(P<0.01),30日龄极显著高于其余两个组织(P<0.01),而编辑水平上除了肺部的编辑水平趋势与ADARB1-2的表达趋势不同之外,其余组织与脂肪组织不同日龄的表达趋势与编辑位点的表达趋势相似,说明该位点的编辑水平与ADARB1-2的表达水平具有一定的相关性。首次从宁乡猪上鉴定出由NCOR2所转录出的不同转录本NCOR2-1与NCOR2-2,NCOR2-2是由外显子40上的一段序列跳跃所产生,通过qPCR发现NCOR2-1该转录本在脂肪组织中相较于肝、脾、肺具有一个较高的表达量其中NCOR2-1极有可能参与脂肪沉积的调控。
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