本文利用微卫星标记对我国杂交水稻亲本材料进行了DNA多态性分析，从208对SSR引物中筛选亲本材料的特异引物，构建几个重要亲本材料的DNA指纹图谱。同时，利用与蜡质基因紧密连锁的引物分析其基因型与直链淀粉含量的关系。主要结果如下： 1．籼粳亚种的遗传多样性及杂交水稻亲本的遗传关系分析 208对引物中具有多态性的引物123对，占所用引物的59.13％。不同染色体的微卫星分析的多态性不同，染色体9、10微卫星的多态性高于其它染色体，染色体12上的微卫星标记的多态性最差，仅为46.15％。 选择籼粳间多态性高的38对SSR引物进行统计分析。共检测到125条多态性条带，平均每个引物检测到3.29个等位基因。其中仅在籼稻出现的有19个，占15.2％，仅在粳稻出现的有15个，占12％。籼稻和粳稻的平均基因多样性分别为0.71和0.62。每一位点在籼稻中的等位基因变幅为2～6个，平均为3.13个：粳稻中为1～5个，平均为2.53个。粳稻中的等位基因数为籼稻的80.7％。由此可见，在平均基因多样性和单个位点的等位基因数均说明中国籼稻遗传多样性大于粳稻。 聚类分析表明，所有的供试材料可分为两群，即籼稻群和粳稻群。聚类结果与亲本材料亲缘关系基本一致，说明SSR标记能较好地区分籼稻和粳稻。由于农艺性状是基因表达的结果，易受环境影响，聚类结果不能从整体上充分反应品种间的遗传变异。42份常用杂交水稻亲本材料聚类分析表明，恢复系和不育系遗传基础均较狭窄，但恢复系和不育系之间的遗传距离相对较远，从一定程度上反映了遗传距离与杂种优势正相关。 2．主要杂交水稻的微卫星指纹图谱构建及纯度和真实性鉴定 筛选出的各个亲本材料的特异引物或者是引物组合，能够将某个亲本材料与其它材料相区分。对这些SSR引物扩增的带型进行赋值，进行数据统计和分析，已建立主要杂交水稻亲本的SSR指纹数据库，可以简便而有效地解决杂交水稻雄性不育系、恢复系及其杂交种的鉴定问题，以及有效地分析各材料间的亲缘关系。 从DNA指纹数据库中筛选出不育系D香A和恢复系蜀恢527以及不育系D702A和恢复系多系一号特异有差异的引物。杂交种的SSR图谱表现为双亲互补型，特异引物RM244和RM168可以分别鉴定出D香优527、D优多系一号中的假杂种，同时结合田间表现，二者的结果是一致的，符合率达到100%，说明微卫星鉴定结果是准确可靠的。 3.环吮基因的多态性与直链淀粉含量的关系 484/485扩增93份供试亲本材料的结果表明，93个亲本材料中有3种多态性片段。粕稻中叭基因型以胶，叭‘型和肠3叭3型为主，粳稻中叭基因型以肌，叭，型为主。93份材料可根据叭基因型将直链淀粉明显地分为高和低两类，统计分析发现，叭基因型与直链淀粉的相关系数达到0.852**。其中，叭’肠，型和叭2叭2型直链淀粉含量低，叭3肠3型直链淀粉含量高。 应用PCR一ccl分子标记检测法对93份水稻品种进行了基因型检测。统计分析基因型与直链淀粉的相关系数达到0.701**。其中GG型的水稻品种直链淀粉含量较高，在16.00%一23.08%之间，而检测为T’T型的水稻品种直链淀粉含量较低，在0.68%一巧.53%之间，GT杂合型的水稻品种只有泰引一号和巴西陆稻，其直链淀粉含量分别为12.96%和17.33%。 两种分子标记检测结合分析发现，基因型为叭，胶’和叭2叭2的材料多为TT型，基因型为叭3叭3的材料多为GG型。统计分析表明叭基因微卫星标记检测与PcR一。。l分子标记检测的相关系数为0.665**，说明二者的检测结果是相符合的，可以将两种方法结合起来检测育种材料的淀粉含量，提高育种效率、改良我国釉稻食用品质。