随着经济的快速发展,生态系统功能出现不同程度的退化,为了保护生态环境,中央财政设置了林业补助资金等专项转移支付,进行生态补偿,明确规定了资金的用途。2008年,中央财政又启动了生态功能区转移支付试点工作,不同于专项转移支付,该项资金属于一般性转移支付,由县级人民政府统筹安排,资金使用灵活,加强该项资金的管理,可以规范资金的使用,提高财政资源的配置效率,提供更多的生态产品以满足人民日益增长的优美生态环境需要。G州是黄河上游重要的水源涵养区,生态区位十分重要,生态功能区转移支付资金是其进行生态补偿的主要资金来源。本研究以G州对生态功能区转移支付资金的管理为切入点,结合公共财政理论、公共产品理论以及外部性理论,运用访谈法和文献法,从G州生态功能区转移支付资金的投入规模、资金分配、资金使用、资金监管、资金的绩效评价等方面,分析该项资金在管理工作中存在的问题。研究发现,G州生态功能区转移支付资金在使用中,存在民生资金挤占环保资金、投入不足、分配不合理、监管机制不健全等问题。其原因在于生态功能区转移支付具有双重目标、利益相关人员思想意识不够高、资金使用中信息不对称、追求生态质量与区域发展之间面临困境。鉴于此,本文提出了以保护生态环境为主要目标,完善政绩考核机制;建立横向转移支付制度,拓宽资金来源渠道;加大生态补偿转移支付力度,完善资金分配方法;完善转移支付监督机制,畅通资金监管渠道等对策建议,推动生态功能区转移支付资金管理规范化,提高资金的使用效益。