生态环境保护综合行政执法是为解决环境行政部门职能交叉、分散等问题,依据法定程序,通过对行政权的重新分配,将原先散落于多个行政部门的行政执法权由某一独立的行政机关单独行使的制度。此制度对解决我国环境执法中长期存在的多头执法、重复执法等问题起到积极的作用。生态环境保护综合行政执法虽是我国环境领域行政执法之趋势,但我们也要正确看待它所面临的挑战以及存在的现实问题。首先,我国生态环境保护综合执法主体资格备受质疑,执法队伍结构也十分不合理;其次,生态环境保护综合执法权限范围界定不清,为执法活动带来困扰;再者,生态环境保护综合执法程序缺乏规范性,具体表现在执法依据混杂、执法观念落后以及执法程序不规范;最后,生态环境保护综合执法监督机制薄弱,主要表现在结构的不合理以及监督机制的非制度化上。针对目前我国生态环境保护综合行政执法面临的现实问题,从实际出发,加强生态环境保护综合行政执法的主体建设,明确综合执法的主体地位,加强执法队伍建设;合理划定生态环境保护综合行政执法的权限范围,理顺生态环境保护综合执法队伍与相关部门的权责关系;进一步规范生态环境保护综合行政执法的程序,提高服务意识;完善生态环境保护综合行政执法的监督机制,实现内外部监督的良性互动。将生态环境保护综合行政执法作为此次研究的论题,具有一定时效性,在立法与理论上提出一些建议,希望能够促进我国生态环境保护综合行政执法在实践中的进一步发展。