当前，随着经济的持续发展和社会的不断进步，使得技术进步取代传统的消耗要素的投入成为推动经济增长的重要因素，同时，技术进步也成为一种重要的指标来衡量一个国家或区域的经济发展情况，其中技术创新是最主要的手段。R&D投入是衡量各区域科技发展及对科技创新重视程度的一项重要的指标，特别是R&D资金投入更是支撑整个科技事业发展的条件。近年来，我国的R&D经费投入均不断增加，但各区域之间在R&D产出方面存在着极大的不平衡，因此对R&D投入产出效率的研究迫在眉睫。同时，如何优化R&D投入，有效利用R&D资源实现资源优化配置，以促进区域经济持续、健康的发展，具有非常重要的现实意义。本文基于区域创新基本理论及R&D投入理论，对区域创新系统的内部运行机制以及R&D投入的特征和来源进行分析，建立区域创新系统中R&D投入的作用机理，通过分析R&D投入与区域科技创新及经济发展的相互作用，进而从技术效率、经济效率以及社会效率三个方面进行R&D投入效率评价，并以此为依据构建区域创新系统R&D投入效率的指标评价体系。将中国30个省份的R&D投入产出指标作为研究对象，以省级区域和东部、中部、西部三大区域视作不同规模的区域创新系统，在分析其R&D活动现状的基础之上，运用数据包络分析法对各区域创新系统在2006-2011年的R&D投入效率从动态效率和静态效率两方面进行综合评价，并结合回归分析的方法分析创新主体对R&D投入效率的影响，分析影响R&D投入效率的原因。经过综合分析后对我国各区域R&D投入提供发展对策并从宏观层面上给出了一些提高区域创新系统中R&D投入效率的政策建议。