论文部分内容阅读
MicroRNA(miRNA)是一类约22nt的内源性小分子RNA,主要通过与其靶基因mRNA的3’UTR区互补结合使之降解或影响mRNA的翻译,实现了对基因的转录后沉默[1]。miRNA通过作用于多个靶基因在很多信号通路,如发育、分化、增殖、细胞凋亡中发挥重要作用[2]。同时,其自身表达还受到前体转录因子的调控,在人类正常组织和肿瘤细胞系中均存在组织特异性的表达模式[3-4]。从而组成miRNA上下游,复杂调控网络回路。本研究利用基因本体(Gene Ontology,GO)数据库[5]和GOmir工具[6],分别对382个miRNA的上游转录因子和下游靶基因参与的升物学过程,行使分子功能和细胞组分构成三个方面做聚类分析。分析结果显示,miRNA的“转录因子/转录因子”和“靶基因/靶基因”之间,存在着广泛的正、负相关关系,提示它们之间可能存在协同或拮抗作用。特别地,我们还发现一类“转录因子/靶基因”之间的相关性,提示转录因子可能通过miRNA,影响相关基因的表达。情况,从而间接地影响某些生物学过程。利用GOmir工具[6]对组织特异性表达的miRNA的靶基因做Gene Ontology聚类分析,发现不同组织表达的miRNA在参与生物学过程,行使分子功能和细胞组分构成方面都存在一定程度的差异。提示miRNA的组织特异性也伴随着功能的差别。最后,通过实验方法证明了肝特异性miRNA,miR-122有若干代谢相关的靶基因,并可以间接影响线粒体合成相关基因。