创新是引领发展的第一动力,在这样的时代召唤下,推动跨学科研究是国家进行创新体系建设和提升大学科研创新力和获取竞争优势的客观要求和必然趋势。在国家政策的引导下,我国大学正积极探索促进跨学科融合的方式,跨学科机构的设立作为有效的体制机制创新,诸多大学纷纷建立了跨学科机构。跨学科机构的创立作为科研体制机制的创新确实为促进高校跨学研究提供了重要的平台保障,在承担国家、学校科研任务的同时,为教学、知识传播、成果应用、区域参与以及国家创新方面发挥了重要的作用。跨学科组织处在行业、政府、大学多主体的系统之中,完善的跨学科组织是开展诸多跨学科活动的有效载体,其良好运行需要组织系统内部及外部提供可靠的体制机制安排。国外大学为促进跨学科研究,完善跨学科研究机构的运行进行了大量的探索和改革创新也取得了大量的成就,对其良性运行的跨学科组织进行分析具有一定的必要性。本论文在查阅跨学科相关研究文献的基础上,首先从学科、跨学科、跨学科研究、大学跨学科组织的内涵出发,考察国内外大学跨学科组织的演进与发展,并基于不同视角全面分析大学跨学科组织发展面临的阻碍。其次本文选取国外著名大学不同类型跨学科组织进行案例研究,对美国波士顿大学内设于医学院的埃文斯跨学科生物医学研究中心(ECIBR)、美国哈佛大学独立设置的Wyss生物启发工程研究所以及加拿大多伦多大学具有跨学科战略导向的应用科学和工程学院的组织结构、定位及运行保障机制进行分析。此外,结合知识三角理论和协同论总结跨学科组织有效运行的特征并构建跨学科组织运行机制,总结其运行机制包括协作参与的治理机制、完善的项目管理机制、有效的资源整合机制、跨学科教育和培训机制和多层次成果应用机制。最后,在系统构建运行机制的基础上,从跨学科组织自身、大学及政府三个主体出发,针对我国跨学科组织内部运行低效以及外部适应能力差提出相关建议。