随着环境保护成为一个全球关注的问题，环境审计也越来越受到世界各国的重视，而环境绩效审计是环境审计的发展趋势。环境的外部性特点决定环境问题的解决必须依靠政府的强制力来进行。近年来，政府在环境治理方面投入了大量资金，环境保护项目数量和规模日益扩大，但是投入到环境保护上的资金到底发挥了多大的效益，需要审计机关进行科学的监督和评价。为提高政府环保效率，有效履行其环保职责，迫切需要建立政府环境绩效审计评价体系。政府环境绩效审计是依据环境审计标准，运用绩效审计方法，来评价政府和企事业单位的环境管理活动。我国对政府环境绩效审计的研究尚处于探索阶段，没有形成一套科学完整的评价体系。本文在分析环境审计的特点和绩效审计的优势的基础上，理顺环境审计、绩效审计、环境绩效审计三者的关系，然后将绩效审计引入政府环境审计中，并结合政府环境绩效审计评价的现状及主要问题，确定政府环境绩效审计评价的基本要素，重点是评价指标、评价模型的构建。PSR是反映环境与社会发展关系的概念框架，广泛应用于国外发达国家的环境评价和决策过程。本文基于PSR建立政府环境绩效审计评价指标体系，结合环境优值模型，并对甘肃省城镇污水处理设施建设运营和专项资金管理使用绩效进行了应用研究，最终提出政府环境绩效审计评价体系应用的保障措施。保障政府环境绩效审计评价体系的应用，应加强政府环境绩效审计立法工作，加快发展环境会计，建立完善的评价指标体系，培养高素质的审计人员队伍，明确审计机关和环境保护部门的分工与协作。