凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）是一类重要的经济养殖品种,冬棚对虾养殖因其反季节养殖创造较高经济效益,广为养殖者青睐,而对虾养殖产量和健康状况很大程度上取决于水环境质量,水体环境由理化因子及生物因子构成,而细菌在水环境中具有重要作用。本研究以漳州市龙海玉江水产有限公司2个冬棚对虾养殖池为研究对象,于2015年11月至2016年3月对2个对虾养殖池水体的温度（T）、溶解氧（DO）、氨氮（NH₄⁺-N）、氧化还原电位（ORP）、总氮（TN）、亚硝酸盐（NO₂^--N）、硫化物（HS^-）、化学需氧量（COD）、叶绿素a（Chla）等理化因子进行了监测,采用PCR（polymerase chain reaction）-DGGE（denaturing gradient gel electrophoresis）技术测定了水体细菌多样性,实时荧光定量PCR（qPCR）技术对条件致病菌副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）进行定量检测,结果表明:（1）养殖过程中,对虾死亡数与NO₂^--N呈显著负相关（P<0.05）,与HS^-呈显著正相关（P<0.05）,DO、T与对虾相对死亡数相关性不显著（P>0.05）,由于增氧机的开闭得当,没有成为对虾生长的限制因子,T在本研究中为非绝对性决定因子,水体T呈现出随环境温度变化而变化的趋势,与NH₄⁺-N、COD、HS^-呈现极显著负相关（P<0.01）,与NO₂^--N呈显著正相关（P<0.05）,与Chla呈显著负相关（P<0.05）,HS^-与COD、NH₄⁺-N呈极显著正相关（P<0.01）。NH₄⁺-N、COD与NO₂^--N、HS^-呈显著甚至极显著相关关系,直接或间接影响对虾的生长,可通过适度调节棚内温度、适度降低投饵或者底部安装微孔增氧装置,达到降低底质COD和HS^-的目的,促进对虾生长。（2）冬棚对虾养殖池水体细菌丰度呈现中后期（1-2月）>养殖末期（3月）>养殖初期（11-12月）。同一养殖池,采样时间上越相近的样品,其条带相似性系数越高。两个养殖池细菌多样性差异不显著（P>0.05）。菌群的香农-维那（Shannon–Wiener）多样性指数（H’）在1.60-2.76之间,两池分别平均为2.20,2.34。测序结果表明,各个时期优势菌群分属于未知原核生物、蓝细菌、α-变形菌纲、β-变形菌纲、变形菌门、放线菌门。冗余分析（redundancy analysis,RDA）结果表明,影响微生物菌群的理化因子主要有T、HS^-、NO₂^--N和NH₄⁺-N。（3）以qPCR技术对养殖各个时期水体副溶血弧菌（V.parahaemolyticus）进行定量。定量分析结果表明,体系质粒浓度为1.08×10⁷-1.08×10² copy/2μL,重复性检验CV<3%,重复性良好,副溶血弧菌检出限为1.08×10²copy/2μL。标准品定量标准曲线为y=-2.91791x+38.27743,决定系数R²=0.9892。T、NO₂^--N与水体副溶血弧菌浓度呈极显著负相关（P<0.01）,NH₄⁺-N与水体副溶血弧菌浓度呈极显著正相关（P<0.01）,对虾死亡数与水体副溶血弧菌浓度呈极显著正相关（P<0.01）,HS^-与水体副溶血弧菌浓度呈显著正相关（P<0.05）。