基于TCGA数据库探究TSPAN6在胶质瘤中的表达及临床意义

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背景TSPAN6(Transmembrane 4 Superfamily Member 6)编码的蛋白质是跨膜超家族(Transmembrane 4 Superfamily)的成员之一,该家族也被称为四氨蛋白家族。TSPAN蛋白家族是一个跨膜糖蛋白家族,其特征是结构上存在四个疏水结构域、三个细胞内小区域和两个细胞外环(EC1和EC2),其中可变的EC2区域包含特定的位点,以促进与伙伴蛋白的相互作用。TSPAN蛋白可以在细胞表面建立独特的平台,称为TSPAN富集微域(TEMs)。在该区域中,TSPAN蛋白与其他家族蛋白相配合,可以结合整合素、粘附分子、生长因子受体、金属蛋白酶、细胞内信号分子,甚至TSPAN家族成员,发挥调节功能,通过与TEMs的相关作用,发挥调节细胞迁移、黏附、融合、信号转导甚至转移的作用。有关家族成员TSPAN6的研究很少,其在胶质母细胞瘤(GBM)中的功能及相关机制尚不明确。本研究旨在通过基于癌症基因组图谱(TCGA)数据集的分析,从胶质瘤组织特异性表达、预后价值和信号通路富集等方面探讨其可能的作用,预测其在GBM中的功能,探讨其作为肿瘤治疗靶点的可能性。方法使用在线数据库分析工具GEPIA2、UALCAN与Oncolnc采集分析脑胶质瘤中TSPAN6的转录组表达谱及生存预后相关数据。从GEPIA2中分析得到TSPAN6基因的相似基因集,通过R studio对该基因集进行KEGG和GO功能富集分析。使用GEPIA2与R studio进行TSPAN6基因的转录组表达与促癌、增殖、迁移相关基因转录组表达的相关性分析。最后对703例胶质瘤患者的临床数据进行TSPAN6基因与预后因素的Cox单因素回归分析。结果与非肿瘤脑组织相比,TSPAN6的转录组表达在低级别胶质瘤(LGG)和胶质母细胞(GBM)中有明确升高(p<0.05);TSPAN6的转录组表达与胶质瘤患者的总体生存率的相关性具有统计学意义(p<0.05)。对TSPAN6相似基因集的功能富集分析结果显示,TSPAN6与纤毛、囊泡的形成、细胞运动等功能具有一定相关性,可能对胶质瘤的增殖、迁移、侵袭具有影响。分子间相关性分析结果显示,脑胶质瘤中TSPAN6基因与PCNA基因的转录组表达具有正相关性(P=0.039.R=0.16),与PTEN基因的表达水平具有负相关性(P=0.023、R=-0.18),与上皮间充质转化(EMT)过程中间质样细胞标志物Vimentin、α-SMA的表达量呈正相关性(均p<0.05,R=0.531、0.228)。结论TSPAN6的转录组表达在人脑胶质瘤比脑部非肿瘤组织中显著升高,与患者的总生存率(OS)具有相关性,且在肿瘤增殖、侵袭、迁移的过程中可能发挥作用,其表达可能对预测脑胶质瘤的发生、进展及预后具有一定价值。
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