柑橘有4000多年的悠久栽培历史,而且种属间较易杂交、芽变频率较高,亲缘关系复杂,致使人们难以对其进行分类研究,已有的几个系统至今仍颇具争议。DNA分子标记为研究柑橘分类和品种鉴别问题提供了新的手段。其中,单核苷酸多态性(SNP)在基因组中发生频率较高、稳定性好,可供人们进行规模化分析。对柑橘属植物进行SNP分析,可以深入评价该属植物的遗传多态性,有助于理清柑橘种属间的分类进化关系,有利于构建高密度遗传图谱、分析特定基因的功能以及进行分子标记辅助育种等。本研究中,我们利用SNP标记分析了云南瑞丽野生枸橼和柚的遗传多样性。结果如下：一、云南瑞丽野生枸橼的遗传多样性研究：以地理分布上分属3个地方居群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)的15个采自云南瑞丽的野生枸橼个体为材料,利用PCR-SSCP技术筛选分析SNP标记,共从102对引物中筛选出了PCR产物多态性丰富的15对引物,并根据PCR产物谱带多态性进行了遗传多样性分析。结果表明：1)这些野生枸橼个体依据SNP多态性可分为3个大的类群,Ⅱ5单独为一类,Ⅱ1、Ⅱ2、Ⅱ6和Ⅲ1、Ⅲ2、Ⅲ5、Ⅲ6可聚为一类,其它样品为另一类,分子标记结果与地理分布无明显的相关性,表明地理隔离所造成的遗传漂变尚不明显,所有的个体应属于同一繁育居群。2)只需凭借少数SNP组合就可以区分所有的个体,说明SNP标记在区分野生枸橼个体上很有价值。二、柚种质资源的遗传多样性研究用PCR-SSCP技术筛选了适合柚品种SNP多态性研究的引物。同时根据等位基因(单体型)来设计特异性PCR引物,探讨利用单体型特异的PCR来检测柚的遗传多态性。结果表明,单体型特异PCR可以高效地将59个柚品种区分开来,不失为柚类SNP分析的有效方法。三、结论：PCR-SSCP技术可以较为高效地显示野生枸橼SNP多态性,区分野生枸橼个体,分析结果稳定可靠,操作简便、成本低廉。单体型特异PCR,能够比PCR-SSCP技术更为高效地区分柚类品种间的SNP,而且实验周期更短。