我国排污许可证已有十几年历史，但至今处于近乎试点状态，国家法律、法规对其规定，总是在污染物总量控制制度下一笔带过。目前许多地方试点所谓“排污权交易”也忽视一个现实问题，即：排污许可证是环保部门对该“交易”进行具体监管的凭证，排污许可证制度不完善将无限扩大排污交易及其监管的成本。基于此，本文以历史分析、比较分析方法，综合运用环境法学、行政法学、立法学和法理学的基本理论，通过对中美相关制度的对比，对排污许可证制度的理论和实践进行了分析，试图挖掘其理论蕴含、揭示其现实不足、探讨其完善。 第一章结合新颁的《行政许可法》重点探讨了排污许可证的环境法理。认为“排污权”是社会个体环境权益的法理概括，排污许可权是环境公益的法律表述。排污许可权由环保机关行使，其所有权属于人民。“排污权”及其与排污许可权之间必然有矛盾、冲突，排污许可证制度则是这些冲突相妥协的结果，也成为进一步协调这些冲突的工具。排污许可证制度要遵循法定原则、公开、公平、公正原则及便民和效率原则，其实施具有重大现实意义。 第二章通过对中美两国水污染物排放许可证制度的对比分析，探讨了我国排污许可证制度的重大缺失：法律依据不充分，立法滞后；制度目标重点不突出，适用范围过窄；程序模糊，尤其缺乏公众参与程序；监督管理体制上有断层，对违法行为惩罚不力等。这些缺失阻碍了该制度的发展和实施。 第三章提出了完善该制度的路径：进行系统立法，使该制度既有高位阶的法律依据，又有法规、规章规范其具体实施；增加公示、公众评议、听证会等程序，确保公众参与；管理体制上学习、借鉴美国的国家(环保主管部门)与地方(政府)环保职能的平行负责制，以避免对现有的国务院职能分工和庞大的地方环保体系及其体制做大的调整。为保证该制度的实施，有必要顺应国际趋势，增强刑事制裁，并应从现行行政制裁措施中剔除欠缺“惩罚性”的“警告”、“没收违法所得”及带有“特权性”的“行政处分”等制裁方式。而且很有必要学习美国的做法，按每违法日实施制裁。 政府主导，公众积极参与，我国排污许可证制度必能迅速成熟，并促进更深层次的制度变革。