随着我国棉花质量检验体制改革的不断深化,棉花公证检验步入了仪器化检验阶段。虽然有国外的经验可以借鉴,并经过了五年的实践运行,但棉花仪器化公证检验毕竟是一种新的检验模式,在实际检验中存在许多不完善的地方,要提高棉花仪器化公证检验的质量和效果,必须对现有的业务流程进行改进,有效利用棉花信息管理系统是改进业务流程的关键。本文介绍了我国棉花仪器化公证检验业务流程的基本情况,说明了改进业务流程对提高仪器化公证检验质量和效率的重要性,对整个棉花公证检验工作的意义。本文在查阅文献资料和广泛收集调研棉花仪器化公证检验工作的基础上,以江苏省棉花仪器化公证检验实验室为例,运用BPR理论对现有的棉花仪器化公证检验业务流程进行了细致分析,针对原流程存在的不足之处进行了改进调整,提出了新的检验业务流程,充分发挥棉花信息管理系统的优势,有效提高检验效率,保证检验工作质量。通过对改进后的流程进行评价,验证了采取改进方法的有效性。