加强地质工作，是缓解资源约束、保障经济发展的重要举措，政府投入地质勘查项目的专项资金也相应逐年增加，但目前地质勘查项目的专项资金的预算管理还存在诸多问题，亟需加强地质勘查项目专项资金预算管理。地质勘查项目专项资金预算就是按照财政专项资金相关规定以及客观规律要求,根据地质勘查技术设计和预算标准及有关基础定额反映实现地质勘查项目任务所需要的人、财、物的经济方案。地质勘查项目专项资金预算是编制项目计划和确定项目资金的依据；是对项目设计进行技术分析的重要工具,也是部门预算的重要组成部分。地质勘查项目专项资金预算管理是公共财政管理的重要组成部分；是财政专项资金落实到地质勘查项目上的具体应用管理，是确保完成国家地质调查工作任务，经济有效地使用国家预算资金的首要环节。本文在新公共管理的大背景下，运用经济学、公共管理学相关理论基础知识，通过对国内外专项资金预算管理研究和发展现状，以及地质勘查项目专项资金预算管理的相关概念及现状的介绍,同时，在揭示绩效预算与新公共管理内在联系的基础之上，对比传统专项资金预算模式将绩效预算模式的特点进行总结，突显了绩效预算模式的优越性，提出改革传统的地质勘查项目专项资金预算模式，推行绩效预算模式的客观必要性。然后实证分析了湖南省地质勘查项目专项资金预算管理现状及存在的问题,并针对这些情况,提出湖南省地质勘查项目专项资金预算管理体系改善措施，包括：加强专项资金预算管理制度建设；健全专项资金组织管理机构与明确职能；规范专项资金预算管理过程和程序；严格专项资金成本核算监控财务会计制度；构建科学的绩效预算评价指标体系；提高专项资金预算编制和审查水平；强化专项资金预算监管机构职能等建议。