目的：社区医疗机构和基层医院直接为广大群众提供医疗卫生服务和保健服务，尚存在不少问题，本文研究目的就是用实际数据来分析新医药体制改革对基层医院经济运行的影响，为基层医院的改革提供科学依据。方法：本文是以苏州市相城人民医院为研究对象，搜集其往年相关的数据和其他资料对此公立医院的经济运行状况进行分析，使用调查法、资料搜集法、对比分析法等来完成。结果：相城人民医院经过新医药体制改革，2012年医院总收入达到32153.79万元，然其药占比由2004年的42.5%上升到2012年的52.4%。政府投入由最高峰的2005年2448.7万元开始逐步下降，2012年政府投入为0，政府投入占医院总收入的比重呈逐年下降趋势。医院总收入由2004年的5653.54万元上升到2012年的32153.79万元，与此同时总支出由5510.4万元上升到31082.11万元，收支结余率低，是高支出模式下的高增长。经分析可知苏州市相城人民医院和其他公立医院一样，在经济运行方面存在主要问题为医院收支结构不稳定、政府财政补偿不到位和医院药品收支失衡。结论：苏州市相城人民医院和其他公立医院一样，在经济运行方面存在问题如下：医院收支结构不稳定，政府财政补偿不到位，医院药品收支失衡，而相应的解决方法就是政府加大对基层医院的补贴力度，医院本身也需具体化，用到实处。并且引进市场调节来提高医院服务质量，从而提高医院的收入等。