近年来,国家对农业的重视日益提高,支持力度和投资强度不断提升,农业科研事业单位产生了相当规模的资金流,同时随着改革开放事业的发展,科研人员面临的社会经济和社会活动越来越复杂,随之而来科研经费使用管理上违规违纪问题也越来越多,科研经费监管成为科研管理的重要内容和预期成果的重要保障。科研经费监督管理不仅与经济问题有关,而且与调动科研人员积极性、科研事业发展、单位的学术风气、人才培养和学科建设工作等密不可分,直接影响着科研质量、水平提升以及科研事业的发展。因此,如何从科研资金安全和效益角度高效管理和安全使用科研经费是摆在农业科研事业单位面前的一个重要课题。从近几年审计、检查的结果看,许多农业科研事业单位对科研经费管理重视不够,管理制度不完善,预算执行不严格,致使科研经费使用和管理方面出现了一些“公款私用、任意挪用拆借、大肆浪费”等问题,造成国家资金流失,甚至引发犯罪。因而,加强农业科研事业单位科研经费的监管,建立与科研工作目标任务、国家科技体制、财政体制以及相关政策相适应的监管体系显得尤为重要和迫切。本文在系统总结了农业科研特点的基础上,分析研究了农业科研事业单位科研经费使用和管理中存在的问题,进而结合现实情况,深入分析其产生的主客观原因,科研经费管理制度、科研项目的运行状况等的特点与不足,结合存在问题,将科研经费简单层面管理扩展为事前、事中及事后的全程控制与监督,并通过借鉴国外先进的科研经费监管理念,得出提高农业科研经费高效管理的对策。根据研究的结论提出的对策如下：1、科研经费使用方面首先要强化责任追究,增大违法成本。强化科研人员的责任意识和法制意识,加大处罚和追责力度,形成科研人员“不想、不敢、不能、不必”的心理和外部环境。其次加强信息平台建设,利用计算机处理技术,将原来仅仅由课题主持人提出申请的结题方式,转变为科研管理部门、财务管理部门、课题组三方共同管理。解决科研课题结题不结账的问题。再次加强横向课题经费的管理,合理使用,减少漏洞。对横向科研经费的管理要规范其收支行为,制定科研经费财务管理制度,使科研人员做到有章可循、有法可依,自觉遵守有关财经规章制度。最后积极探索科研成本核算办法。考虑农业科研事业单位自身的特点,引入合理、有效的科研项目成本核算制度,实行农业科研项目的成本核算,发挥科研资金的使用效益。2、在科研经费管理方面首先提高预算的科学性维护预算的严肃性,加强部门之间的协调,建立科学的科研经费管理办法。其次建立、健全农业科研项目经费的监管体系,建立定期检查和临时抽查科研项目经费开支机制；多部门联动监管,规范流程；再次,强化财务人员和科研人员的学习与沟通,财务人员要注重学习,积极与科研人员接触,熟悉业务,参与经费预算、使用的全过程管理,促进科研经费规章制度的履行。最后增强我国科研工作者的学术责任感,提高经费使用效率。