随着城镇化进程的加快,我国耕地资源的流失日益严重。长期以来,我国耕地保护面临诸多困境,如耕地保护重约束轻激励,主体利益关系不协调；重政府规制、轻农民参与,产权主体保护耕地受抑制等等。这些困境使得我国最严格的耕地保护制度没能达到保护耕地的目的,耕地数量仍在急剧减少,耕地利用保护中的矛盾日益尖锐。为缓解耕地保护中的矛盾,金坛市在全国率先探索建立了农民耕地保护协会这一自治组织,赋予农民谈判、协商的权利,实践表明农民耕地保护协会在维护自身土地权益的诉求、化解征地矛盾、减少信访压力等方面发挥了重要作用。金坛市的做法具有创新性和示范性,值得深入研究。本文在已有研究回顾的基础上,以金坛市农民耕地保护协会为例,实地调研数据为支撑,全面分析了金坛市农民耕地保护协会的组织结构及运行机制,并给予农民层面的调查分析了农户对农民耕地保护协会的认知和耕地保护意愿,探究了农民耕地保护协会在耕地保护中发挥的重要作用。在此基础上,进一步深入分析了农民耕地保护协会的组织特性及其面临的困境。并研究发现,农民耕地保护这一非政府组织在耕地保护中起到了吸纳耕地保护社会支持力量,化解耕地利用与保护中的矛盾纠纷,拓宽农民利益表达渠道的作用。但同时也存在一些问题,农民耕地协会在保护耕地以及示范推广的过程中面临着认识困境、制度困境和组织困境。本文结合已有研究及笔者的实地调研情况,进一步分析了农民耕地保护协会对地方治理转型的意义,以发现非政府组织化改造的方向与可行性。研究发现,农民耕地保护协会通过赋权于民建立起了产权主体主动参与耕地保护的机制,有助于理顺政府与农民的关系,解决重约束轻激励、重规制轻参与等问题。这些努力为建立农村社区自主治理提供了新起点,对农民耕地保护协会进行非政府组织改造,无论是在单纯的耕地保护中,还是大范围的地方治理转型中都有着重要的意义。以此为起点,再以公民参与作为基础,在政府和公民协作的保证下,通过建立治理网络等多种手段可以逐渐实现地方治理结构的转型。