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近年来,研究药物小分子与蛋白之间的相互作用已成为热门话题。本文以盐酸吡格列酮-转铁蛋白、盐酸吡格列酮-胃蛋白酶、盐酸吡格列酮-胰蛋白酶、柠檬黄-胰蛋白酶为研究主体,采用荧光光谱法、同步荧光光谱法、紫外-可见光谱法、圆二色光谱法和分子对接模拟技术对这四个体系进行了研究。研究内容共分以下几部分:第一章:综述了本文研究药物-蛋白相互作用所用到的几种光谱方法和分子对接模拟技术,并对药物-蛋白研究领域的发展进行了描述及展望。第二章:利用同步荧光光谱法研究了不同温度（298、310和318 K）时盐酸吡格列酮（PGH）与转铁蛋白（TF）中色氨酸残基（T-Trp）和酪氨酸残基（T-Tyr）的结合机理。由其Ka、n及热力学参数,表明PGH与TF通过静电引力作用形成了1:1的稳定化合物;PGH与T-Trp的结合程度大于PGH与T-Tyr结合程度。310 K时该体系T-Tyr和T-Trp的荧光猝灭比率份数(NSFQR)平均值分别为:48.45%、51.55%,即在氨基酸水平上去进一步了解药物与蛋白相互作用时蛋白中不同氨基酸的荧光猝灭程度,NSFQR值大的说明结合的药物多,则对药物药效的影响大;310 K时PGH与T-Tyr结合模型W=-0.0315R2-0.1520R+0.7385,结合率为55.60%73.82%;nH>1说明PGH与后继配体之间存在正协同作用;r<7 nm,说明PGH与T-Tyr和T-Trp之间存在非辐射能量转移;分子对接模拟技术的结果与实验计算结果一致。第三章:为了研究药物与胃蛋白酶（PEP）相互作用后对药效及胃部消化能力的影响,本文在模拟生理条件下,通过荧光法、同步荧光法和分子对接模拟技术研究了在298 K、310 K和318 K时盐酸吡格列酮（PGH）和PEP之间的相互作用机理。结果表明,PGH与PEP之间通过静电引力及氢键作用以静态猝灭的方式形成了1:1的稳定复合物;PEP的酪氨酸残基（Tyr）和色氨酸残基（Trp）均参与了反应;PGH-PEP的结合对后继配体存在正协同作用。通过估算得知:当患者服用PGH 15 mg45 mg时,胃液中的药物结合率0.0013%0.0032%,数值很小,即PGH与PEP的结合,对PGH药效几乎没有影响;PEP的结合率为69.76%87.37%,即服用PGH使得游离的PEP减少69.76%87.37%,表明服用PGH将使患者胃部的消化功能受到影响。分子对接模拟技术表明PGH与PEP的最佳结合位点位于PEP的催化活性中心处,且两者的结合作用改变了PEP催化活性中心处氨基酸残基的微环境。第四章:盐酸吡格列酮（PGH）通过静态猝灭方式使胰蛋白酶（TRP）荧光猝灭。PGH与TRP作用改变了TRP的色氨酸（Trp）和酪氨酸（Tyr）所处的微环境,疏水性降低。PGH-TRP的Ka、n及ΔG、ΔH、ΔS,表明该PGH与TRP通过氢键和疏水作用力形成了1:1的稳定化合物。由位点竞争实验可知PGH与TRP主要结合位点在TRP的疏水腔Ⅰ中。在298 K下建立了PGH与TRP结合模型W=-0.08684R2+0.1048R+0.8503,测得结合率为64.95%85.03%。第五章:柠檬黄（TTZ）与胰蛋白酶（TRP）之间的相互作用能够影响药物与TRP的结合,进而对药效产生影响。因此,本文采用光谱法研究了TTZ与TRP之间的结合机理。TTZ与蛋白的结合率在310 K下为80.95%95.71%;通过同步荧光法和圆二色光谱法研究了TTZ对TRP结构的影响,结果表明,TTZ与TRP的结合引起了TRP构象的改变,并使TRP的内源性荧光猝灭;分子对接模拟了TTZ与TRP的结合情况,结果表明TTZ结合在TRP的催化活性位点处,大多数药物与TRP也在此处结合,进一步说明了在与蛋白结合时TTZ与药物的竞争关系,分子对接模拟技术的结果与光谱法计算的结果一致。