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本研究对102份不结球白菜(Brassica rapa ssp.chinensis Makino,俗称“青菜”或“小白菜”)核心种质资源的基因组数据和农艺性状数据进行了分析、整理和归纳,构建了基因组数据库。数据库采用MySQL数据库管理系统,存储海量基因组数据,总数据量为3.27亿条,其中SNP记录4228万条。数据库既符合国际标准又具有良好的兼容性和扩展性,解决了数据的存储、检索、分析和管理的标准化和自动化等关键问题,便于核心种质资源的查询和利用。在建立的生物信息平台上集成创新,自行开发两个软件:SSRFace,从EST中发掘SSR分子标记并设计引物的全自动分析服务;GeMint,运用虚拟机技术构建生物信息学操作系统。本数据库可经济、便捷地克隆基因,研究起源和进化,加速不结球白菜新品种选育进程。 SBP(SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN)转录因子基因家族是存在于植物中的一类高度保守的转录因子基因家族,在植物的生长发育,特别是开花阶段,扮演着重要角色。大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)是世界性的重要蔬菜,同时常作为基因组复制研究的模式植物。本研究鉴定了大白菜中的SBP转录因子,并研究了其特性。在大白菜和拟南芥中,鉴定出23对直系同源基因对和5对共直系同源基因对,并构建出SBP转录因子与其他基因的互作网络图。本研究发现共有16个SBP转录因子在花的表达量显著高于其他组织器官中的表达量,说明其在花发育中的重要作用。小RNA家族miR156/157能调节大白菜SBP基因的编码区和3-UTR区。前人的研究发现SBP转录因子家族可能参与植物的某些发育过程,本研究中的qPCR实验验证进一步确认了大白菜转录因子也能够响应多种外源激素如水杨酸和茉莉酸甲酯。SBP家族的基因在经历了基因的复制和丢失事件后,进化出更为精细的调控特性。本文在全基因组水平上对SBP转录因子的研究能够为大白菜中SBP转录因子后续的功能研究提供支撑。 Whirly转录因子是一类植物所特有的高度保守的单链DNA结合(single-strandDNA binding,SSB)蛋白,在植物抗病信号转导、维持端粒长度、维护细胞器基因组的稳定性等方面发挥重要功能。本研究运用生物信息学方法,从71种植物基因组中鉴定了196个Whirly转录因子,并研究了其特性。通过系统进化分析,本研究将植物界中的Whirly转录因子归于O组、P组和M组。O组成员来源于低等植物和裸子植物,P组成员大多与叶绿体有关,而M组成员大多和线粒体有关。在被子植物中,Whirly家族中的M组成员较多于P组成员,多倍体植物的Whirly成员多于二倍体植物。鉴定了Whirly转录因子的特征基序,为Whirly家族的分类和进一步的表达模式研究提供了参考。