普洱茶是云南特有的地方名茶，也是云南重要的经济产业。其熟茶是一种后发酵茶，通过渥堆工艺形成，其中微生物在渥堆发酵中扮演的角色最为重要。过去四十年的研究，由于方法的局限性、材料的不具代表性再加上研究策略都是静态的等原因，研究结果不能客观、真实地回答普洱熟茶渥堆不同时期中的微生物群落组成、物种多样性、主要共性微生物及其动态变化规律等核心科学问题，这也是到目前为止仍然无法实现普洱熟茶人工发酵的根本原因。　　大益普洱熟茶是普洱茶行业最具代表性的熟茶产品。本研究以大益普洱熟茶渥堆过程中的真菌为研究对象，采集4个渥堆不同时期、空间的渥堆样品共84份，通过渥堆微生物总DNA提取、ITS片段PCR扩增、罗氏454测序等分子生物学技术，获得高质量的序列总计766858条，应用生物信息学技术，系统、全面的研究了普洱熟茶渥堆过程中真菌的群落组成、主要共性类群及其动态变化规律。　　研究发现:1、渥堆工艺是典型的人工生态环境。2、渥堆菌群比较稳定。3、渥堆菌群存在明显的动态变化规律。4、渥堆菌群具有明显的消长规律。我们认为，在渥堆中的主要共性真菌占到总序列数的98.3％，它们应该是大益普洱熟茶主要品质的保障，由于它们属于食品微生物，从微生物物种资源的角度基本上解释了通过渥堆发酵的熟茶能成为饮品的原因:而其他251个稀有类群总共只占到全部序列的1.7％，其中有种类丰富但数量较少的药用真菌，这有可能是普洱熟茶具有一定保健功效但药效又不如药的原因，其中也包涵了种类丰富但数量较少的植物病源真菌，这说明熟茶发酵的真菌有一部分是来源于茶山、茶树。　　总之，本研究首次全面、系统地对熟茶渥堆的真菌进行了深入研究。研究成果，为今后实现普洱熟茶的人工发酵提供了详实的科学数据和理论依据。