在市售中药及中成药领域,掺伪、质量不稳定等因素严重制约了相关产业的可持续发展。本研究从中药和中成药的安全性和有效性出发,结合近年来发展迅速的DNA条形码技术,厘清药用藁本类植物的种源,并寻找其可能的替代种源;同时对中成药人参健脾丸的处方组分进行分析,从而对中药和中成药科学系统的质量评价方法的建立,以及保证临床用药的安全提供依据:(1)药用藁本类植物的分子鉴定本研究利用ITS2及其二级结构通过对43份正品藁本及其常见七种混伪品样品和25份随机购买的市售藁本药材进行分析,建立了完备的正品藁本及混伪品参考序列数据库,探明了目前药材市场上销售的藁本的种源问题。首先,利用ITS2及其二级结构能够方便可靠的将正品藁本及其混淆品和伪品鉴别出来;其次,市售的藁本药材除了正品藁本外,还有鞘山芎和滇芹,且占有相当大的比例(76%)。(2)药用藁本替代种源的找寻本研究基于构建的藁本属分子系统学框架,找寻与正品藁本具有亲缘关系的类群,再结合已有的化学成分的研究,为正品藁本找寻到合适的替代种源。蕨叶藁本Ligusticum pteridophyllum以及分布于日本的Cnidium officinale和正品藁本关系极近,且含有相似的化学成分,可做为合适的替代种源。(3)Metabarcoding技术在中成药人参健脾丸成分分析中的应用本研究选取11个厂家共23个批次的人参健脾丸样品,运用metabarcoding技术对其处方组分进行检测。利用ITS2作为扩增片段,进行高通量测序,然后用QIIME 2软件进行数据分析。结果表明:1)DNA metabarcoding技术可以检测到人参健脾丸中除白术、木香、茯苓外的其它处方成分;2)在一些样品中检测到处方药材的替代品或混伪品,如西洋参、滇刺枣、川木香等;3)不同厂家检测到的物种差异很大,同一厂家不同批次检测到的物种组成没有显著差异。因此,DNA metabarcoding技术可作为中成药处方成分分析的重要工具。