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目的:采用微卫星DNA(SSRs)和单核苷酸多态性(SNPs)标记研究实验红鲫C1HD系。方法:1. SSRs标记研究方面,随机抽取鲤鱼的6对微卫星引物,PCR扩增8尾实验红鲫C1HD系和8尾普通红鲫基因组DNA,PCR产物电泳分析后,筛选出实验红鲫C1HD系微卫星DNA标记。2. SNPs标记研究方面,参照斑马鱼的SNPs基因库,针对已建立的每个SNP位点设计两对引物,采用单管双向等位基因专一性扩增(SB-ASA)法[1]PCR扩增12尾实验红鲫C1HD系和12尾普通红鲫基因组DNA,PCR产物经电泳分析后测序验证确定样品SNPs基因型,同时对数据进行统计分析,筛选出实验红鲫C1HD系单核苷酸多态性标记。结果:1. SSRs标记研究方面,随机抽取鲤鱼的6对微卫星引物,采用引物PCR扩增8尾实验红鲫C1HD系和8尾普通红鲫基因组DNA,PCR产物电泳结果显示:引物MFW14、MFW24和MFW25在红鲫两个样品均扩增出一个等位基因;引物MFW1和MFW5在红鲫两个样品共扩增出多个等位基因,红鲫C1HD系、普通红鲫分别为7个、9个等位基因。引物MFW15的扩增产物,只在普通红鲫样品出现长度约为180bp的等位基因,实验红鲫C1HD系样品未出现该等位基因。2. SNPs标记研究方面,斑马鱼SNPs基因库中的12个候选基因筛选24个SNPs位点,采用SB-ASA法对样品基因组DNA进行PCR扩增,扩增产物电泳成像后分析显示:其中斑马鱼的zK261O7基因zSNP30124211(A/G型)、zC227H20基因zSNP24678043(T/A型)和zC39F23基因zSNP26474328(C/G型)三个位点能够对红鲫进行基因分型:三个位点扩增出对应长度为432bp、482bp、365bp的片段,对应不同的特征性长度为普通红鲫153bp(代表基因型A)与实验红鲫C1HD系314bp(代表基因型G)、普通红鲫228bp(代表基因型T)与实验红鲫C1HD系289bp(代表基因型A)、普通红鲫254bp(代表基因型C)与实验红鲫C1HD系141bp(代表基因型G)的片断,对应不同的长度片断能够区别普通红鲫和实验红鲫C1HD系。基因分型结果与测序结果完全一致。数据分析显示在红鲫24个SNPs位点共获得并清晰的DNA谱带并测定序列10933bp,共发现92个SNPs和70个单倍型;实验红鲫C1HD系和普通红鲫分别发现有32个和60个SNPs,SNPs频率θ值分别是0.47、1.02SNPs/kb,π值分别是0.31×10-3、1.27×10-3,SNPs分布不均,存在SNPs富集和SNPs贫乏;使用同一性卡方检验红鲫样品的等位基因频率,92个SNPs有65个SNPs的等位基因频率在实验红鲫C1HD系和普通红鲫间有显著性差异,其中斑马鱼的zSNP30124211(A/G型)、zSNP24678043(T/A型)和zSNP26474328(C/G型)三个SNPs位点可作为红鲫C1HD系SNPs标记;在实验红鲫C1HD系和普通红鲫中分别有38和47种单倍型,共同有15种单倍型。实验红鲫C1HD系单倍型基因多样性均值(0.14)小于普通红鲫基因多样性均值(0.234),不同基因位点的单倍型分化(Gst)在0～1,不同基因位点的基因分化(Gst)既有相同又有不同。结论:1. SSRs标记研究方面:引物MFW15的PCR扩增产物中,只在普通红鲫样品出现长度约为180bp的特异性DNA片断,可作为区分实验红鲫C1HD系与普通红鲫的SSRs标记。2. SNPs标记研究方面: (1) zSNP30124211(A/G型)、zSNP24678043 (T/A型)和zSNP26474328(C/G型)三个SNPs位点在普通红鲫和实验红鲫C1HD系样品扩增的不同特征性长度片段可以作为区别两群体的SNPs标记; (2)成功地采用SB-ASA法对实验红鲫C1HD系进行SNPs基因分型; (3)实验红鲫C1HD系的SNPs多样性低于普通红鲫。