当前，海关系统面临的执法环境日益复杂，加强对海关权力运行的制约和监督，积极推进以防范执法风险、管理风险和廉政风险为核心任务的海关内控机制建设，已成为新时期海关实现科学发展的有力保障。而内部审计则是衡量海关内控机制建设成效的重要手段。本文在总结回顾国内外内部控制评价相关成果的基础上，提出海关内部控制审计的概念，并对其基本构成要素进行了阐释;结合海关业务执法特点，归纳了确定海关内部控制审计重点的原则，梳理出海关各业务领域的审计要点;并在明确原则的基础上，构建了海关内部控制审计的方法体系;查摆了海关内控审计存在的主要问题，并深入剖析了原因;最后提出了优化海关内部控制审计模式的具体方案。　　全文共四章。第一章阐述了本文研究的相关背景和意义，综述了国内外在内部控制领域的研究成果，并进行了相应分析评论，为后面的研究奠定了基础。　　第二章明确了研究中涉及到的相关概念及其涵义，提出海关内部控制审计的定义，解释了相关要素，辨析了海关内部控制和内部审计之间的逻辑关系，提出研究的理论基础。结合海关业务特点，明确了各业务领域内控审计的重点，并建立了海关内控审计的方法体系。　　第三章理清了三级海关涉及内部控制的项目和要求，归纳出海关内控要求存在的主要问题，并结合海关实际和监管需求，深入剖析了导致上述问题产生的原因，引出优化海关内控审计模式研究的必要性。　　第四章从加强顶层设计、完善组织架构、统一制度规范、强化技术支撑、培育专家队伍等方面，提出了优化海关内部控制审计模式的途径及对策。