自1949年以来，我国的作物育种取得了很大的成就。尤其是50年代后期矮秆水稻及70年代初杂交水稻的培育和推广使用，在世界水稻育种史上奠定了两个里程碑。 但是我国水稻育种科研体系仍然存在一些问题，例如科研投资不足，资助机制及研究资源分配不合理，从而造成低水平的重复研究和稀缺研究资源利用效率不高等问题，进而导致无法有效地实现预定的政策目标。 本研究选择水稻这一对我国粮食生产具有重要意义的作物作为分析对象，期望对水稻育种进行深入的技术经济分析，为解决上述问题提供一些政策建议。 国内外学者对类似的问题都作过相关的研究，但在方法上都存在一个共同的不足，即没有区分育种基础材料（亲本）在新品种的效益中所占的份额，从而影响了分析的结果。Philip Pardey等（2000）虽然提出了利用系谱方法来解决这一问题的设想，但尚未见有实际应用的报道。 本研究采用经济剩余法和多国（地区）局部均衡贸易模型的改进，同时利用系谱分析法，分析了80年代以来我国水稻育种的总收益、总收益在生产者与消费者之间及各省之间的分配、各省的溢进效益、各育种单位的贡献份额和溢出效益等。 研究表明：我国水稻研究的总收益是2106.24亿元，其中消费者剩余为376.78亿元，占总收益的17.89％，生产者剩余为1729.46亿元，占总收益的82.11％。在总收益的分配中，江西省获益最多，为334.16亿元，占总收益的15.87％，其次为黑龙江省和广西，分别为255.43亿元和235.05亿元，分别占总收益的12.13％和11.16％，而天津市获益最少；在研究单位的贡献中，全国杂交水稻利用研究合作组的贡献最大，为267.14亿元，占总收益的12.68％，其次是广东省农科院和福建省三明市农科所，分别为194.26亿元和186.52亿元，占总收益的9.22％和8.86％；在溢出效益分析中，福建省三明市农科所的溢出效益最大，为143.25亿元，占其总剩余的76.80％，其次为广东省农科院和浙江省杭州种子公司，溢出效益分别为 12刀9亿元和 62．59亿元，分别占其总剩余的 62．34％和 95．45％：在新品种的贡献中，汕优 63 的贡献最大，为 171．31 亿元庙总收益的8．13％，其次是汕优2号和汕优6号，分别为160．83亿元和100．75亿元，占总收益的7．64％和4．78％。在总收益中，利用局部均衡贸易模型计算中国农科院的贡献为26．96亿元，但这不足以评价各研究单位的贡献，用系谱分析法中的效益分配原则计算得出，中国农科院水稻研究的贡献高达 61．28亿元。 在上述研究的基础上，提出了以下政策建议：（l）由于水稻研究的收益很大，生产者剩余占的比例较大，而且也有利于增加稻农收入，所以应加大我国水稻育种的科研投资：（）由于各育种单位的育种水平相差很大，对社会所作的贡献也相差很大，因此我国水稻育种单位的布局应打破原来的行政区划设置格局和平均分散重复投资的传统，在同一生态区的研究单位可考虑合作或合并，以提高我国水稻育种研究资源的利用效率；（3）中央财政应对一些贡献大的单位给予一定的支持，同时中央应协调各受益省份共同对为其作出贡献的育种单位给予资助：（4）对中国农科院的案例分析表明了育种基础材料（亲本）的重要性，政府应加强对种质资源的收集、保存、鉴定和利用，同时加大对培育亲本能力较强的研究单位的资助力度。