晚清时局动荡不安,宁夏地区所积攒的各种弊病也逐步显露,各行各业呈现衰败的迹象。为了能够继续维持统治,安定边圉,管理宁夏地区事务的陕甘总督、宁夏将军、宁夏府知府、宁夏理事司员等官员采取了一系列治理措施。政治方面,面对晚清宁夏地区吏治腐败,回汉关系日益恶化的政治状况,陕甘总督惩治贪腐,选拔能员,肃清了吏治;又以异地安插、文化抚育的方式缓和了宁夏地区回汉关系。军事方面,以宁夏将军为首的军事官员尽力筹措粮饷,利用外省周转、发商生息的方式,暂时性地解决宁夏满营穷困之苦。同时,向清廷申请经费,为宁夏满营采购先进装备,加强了对驻防宁夏地区军队的考核,为维护统治提供了有力保障。经济方面,陕甘总督和宁夏府知府等官员在经费有限的情况下,对清前期修建的水利设施进行维护修缮,还开挖了新的渠道,保障了平原灌溉农业的发展。贸易方面,对内部市场予以恢复,扩大了边界贸易规模,一定程度上挽救了宁夏地区经济的颓势。对宁夏地区的盐业发展,宁夏地区各级政府始终坚持官办原则,严格管控私盐,但由于对盐商实行苛税,官盐的价格居高不下,使得宁夏盐业发展陷入困境之中。迫于财政压力,陕甘总督和宁夏理事司员对蒙汉交界地区进行了有限开发,以填补财政亏空。社会方面,以陕甘总督左宗棠和宁夏将军台布为首的官僚对禁绝烟毒不断推进,以禁种为本,禁吸为手段,自上而下推动禁烟活动。边务管理方面,随着晚清统治能力的下降,蒙汉隔离政策的解禁,宁夏地区蒙汉交往日渐频繁。宁夏部院理事司员专管蒙汉边民事务,对于进入蒙地的佃民人身管理极为严格。当蒙汉边民出现冲突乃至命案之时,常由阿拉善蒙古和宁夏部院协商处理。晚清地方官员对宁夏地区的治理主观上乃是维护清廷统治的必然之举,但客观上也顺应了时代潮流,对宁夏地区的发展做出了一定的贡献。