普氏蹄蝠（Hipposideros pratti）,隶属于翼手目（Chiroptera）蹄蝠科（Hipposideridae）,在我国主要分布于中南部各省,河南省仅分布于南阳市。普氏蹄蝠是典型的洞穴型蝙蝠,由于其栖息的许多洞穴被开发成旅游景点,严重干扰了该物种的生存,人为捕杀、农药和杀虫剂的使用等因素使得该物种的种群数量正在急剧减少。为了弄清河南省普氏蹄蝠遗传多样性现状,为该物种提供科学的管理和保护措施,利用RAPD与微卫星标记研究了河南省南阳市4个洞穴（西峡、内乡、南召、军马）74个普氏蹄蝠的群体遗传多样性,分析了群体的遗传分化、遗传结构等,并检测群体是否经历瓶颈效应。结果如下:1.从已发表序列中筛选出8条RAPD引物与6对微卫星引物,对河南省四个普氏蹄蝠群体进行扩增,RAPD引物共扩增出条带91条,平均多态率为77.3%,多态位点平均占比（P）为50.00。微卫星标记共检测到等位基因25个,平均每个位点检测到4.17个,位点的平均多态信息含量（PIC）为0.498,所有引物均具有多态性。2.基于RAPD数据,四个普氏蹄蝠群体的观察等位基因数（Na）为1.43～1.62,有效等位基因数（Ne）为1.33～1.49,Shannon信息指数（I）为0.2625～0.3805;基于微卫星数据,普氏蹄蝠群体的观察等位基因数（Na）为2.83～3.83,有效等位基因数（Ne）为2.03～2.79,无效等位基因频率为0.017～0.159,Shannon信息指数（I）为0.7955～1.0996,RAPD与微卫星数据反映出一致的结果:四个群体的遗传多样性有明显差异,南召（NZ）遗传多样性最为丰富,内乡（NX）遗传多样性最差。3.基于微卫星数据,普氏蹄蝠群体观察杂合度（Ho）为0.298～0.531,期望杂合度（He）为0.422～0.610,Nei’s期望杂合度为0.412～0.595,多态信息含量（PIC）为0.382～0.541,该结果说明普氏蹄蝠群体内部存在近交行为,南召（NZ）呈高度多态（PIC＞0.5）,西峡（XX）、军马（JM）、内乡（NX）三个群体呈中度多态（0.25＜PIC＜0.5）。在四个群体的六个位点上进行了24次哈迪-温伯格检验,其中,16次结果偏离哈-温平衡。4.基于微卫星数据计算F-统计量,普氏蹄蝠个体近交系数(Fis)为-0.0754～0.3714,群体近交系数(Fit)为0.0064～0.4245,两者均为正值,表明普氏蹄蝠群体存在近亲繁殖的现象(Fis＞0,Fit＞0)。5.基于RAPD与微卫星数据分析群体分化水平,普氏蹄蝠群体遗传分化系数(Fst)分别为0.2236、0.0614,群体内部遗传变异分别占总变异的77.64%、75.39%,四个群体平均基因流分别为1.7364、3.8206,说明群体内部遗传变异是引起普氏蹄蝠群体变异的主要因素,基因流大于1表明群体间存在一定程度的基因流动。RAPD认为普氏蹄蝠群体呈高度遗传分化,微卫星标记认为群体间为中等分化,两者结果不同,表明在研究群体遗传多样性时运用多种分子标记能够更综合、准确的评估群体遗传状况。6.基于RAPD与微卫星数据分析种群遗传结构,普氏蹄蝠两两群体间Nei’s遗传一致性（GI）分别为0.9002～0.9456、0.8834～0.9578,遗传距离（GD）分别为0.0559～0.1051、0.0431～0.1240,结果表明,内乡（NX）与军马（JM）的亲缘关系最近,西峡（XX）与南召（NZ）的亲缘关系最远,群体间整体遗传分化较小。7.基于微卫星数据,检测普氏蹄蝠四个群体是否经历过瓶颈效应,结果显示,在无限等位基因模型（IAM）、二阶突变模型（TPM）、逐步突变模型（SMM）三种模型下仅西峡（XX）经历显著瓶颈效应（P＜0.05）,而在前两个模型下,南召（NZ）、西峡（XX）两个群体经历显著瓶颈效应（P＜0.05）。内乡（NX）在TPM与SMM两种模型下表现为杂合度缺失（He＜Hd）,西峡（XX）、南召（NZ）、军马（JM）在三种模型下均表现出杂合度过剩（He＞Hd）,基因分布呈典型的“L-shaped”型。综上,筛选的RAPD引物与微卫星引物具有多态性。普氏蹄蝠群体内部存在近交,群体间存在分化,遗传距离各不相同。四个普氏蹄蝠群体中遗传多样性最丰富的为南召（NZ）,其次为军马（JM）、西峡（XX）,内乡（NX）遗传多样性最低,主要变异因素为群体内部遗传变异。南召（NZ）、西峡（XX）经历了显著瓶颈效应,对该地普氏蹄蝠种群进行科学有效的管理十分必要。