目的：建立一套科学、客观、全面、定量与定性相结合,符合新疆地区三级甲等医院的科研投入—产出评价指标体系。方法：通过对新疆某三甲医院近三年科研投入和科研产出资料的分析,运用德尔菲法和层次分析法对来自不同领域的25名专家进行了三轮问卷咨询(有效问卷20份),综合专家意见进行筛选,确定了医院科研投入产出评价指标体系的指标、权重及指标标准,检验其逻辑一致性,并建立投入产出比模型。结果：三轮问卷有效回收率均达到85%以上,专家对评价指标的权威系数均在0.70以上,同时指标体系的一致性检验均满足逻辑一致性要求,说明各级指标权重具有科学性和客观性,最终确立了由“人力投入”、“经费投入”、“科技论文与著作”、“科技成果”、“人才培养”5个一级指标,12个二级指标,29个三级指标所组成的三甲医院科研投入产出评价指标体系。结论：本研究表明,影响医院科研产出的最主要的因素是经费投入,其次是人力投入。应该把人力投入与经费投入有机结合起来,而不是孤立地对待。因此,要提高医院整个科研绩效水平,必须进一步加大科研投入。医院领导者对医院各学科现状及科研水平应进行全面调查及综合评价,明确各学科研究方向,制定科研发展的远期规划和近期计划。在重点支持重点学科发展的同时,要扶持科研力量相对薄弱的科室,在人力、财力的配置上,给予政策上的倾斜,保证这些科室的科研活动能够稳定发展,从而使医院的科研发展更全面、更合理。