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以脂肪、肌肉为代表的猪肉质性状是养猪业重要的经济性状。不同个体猪因品种、生存环境、性别等因素在生长速度、骨骼肌表型等方面差异很大。本研究选取皖南花猪(脂肪型)和大约克猪(瘦肉型)背最长肌,研究DNA甲基化影响不同猪种背最长肌发育的分子机制和调控机制。目的在于筛选调控猪肉质性状的关键功能候选基因,为今后猪肉质性状的深入研究提供理论基础。采用MeDIP-Seq技术对皖南花猪3头(WH-1,WH-2和WH-3)、大约克猪3头(YY-1,YY-2和YY-3)背最长肌进行全基因组DNA甲基化测序,对甲基化图谱进行分析认证。对差异甲基化基因进行GO功能注释和KEGG Pathway分析,从而筛选出与脂肪酸生成和分解等肉质性状相关的功能基因和调控通路,初步阐述DNA甲基化调控肉质性状形成的分子机制。并采用焦磷酸测序(Pyrosequencing)方法对高通量测序的结果进行验证。同时,结合实验室前期对同一样品的RNA-Seq的研究结果进行DNA甲基化和表达谱的联合分析,筛选出DNA甲基化差异同时RNA表达差异的基因。本研究获得主要结果如下:(1)WH-1,WH-2和WH-3样本分别生成33 179 625,37 610 867和32 924 118个有效resds,YY-1,YY-2和YY-3,样本分别生成31,634,309,31,056,478和27,457,277个有效resds。在去除低质量的原始数据后,六组数据生成平均30.8Gb的clean reads,有效reads率为98.84%~98.96%。然后将所有的reads映射到参照基因组,根据Sscrofa 10.2共有77.73%~85.65%的有效率。(2)得到皖南花猪、大约克猪peaks数分别为WH-1,120,443;WH-2,206,080;WH-3,193,398;YY-1,194,507;YY-2,223,008;YY-3,171,769。针对所得到的peaks数获得58283个DMRs,其中12086为超甲基化,46197个为低甲基化。(3)试验结果显示,转录起始位点甲基化程度低于基因本体、转录终止位点。Peaks甲基化程度由高到低大致为:基因间区>内含子、CDS区域>转录起始位点、转录终止位点>5’非编码区、3’非编码区。(4)对测序结果进行分析,存在显著差异甲基化表达基因共有1425个,其中上调基因有447个,下调基因有978个。(5)GO功能富集得到分类条目346个,其中细胞组分相关差异基因占11.56%;分子功能相关差异基因占15.61%;生物过程相关差异基因占72.83%。GO分析发现在皖南花猪和大约克猪肉品质性状形成过程差异基因富集在脂肪酸代谢、脂肪酸生物合成过程、脂质代谢过程、脂质分解过程等。(6)根据KEGG数据库注释差异甲基化表达基因Pathway显著性富集分析结果发现,这些基因参与了277条生物学代谢通路,其中有24条存在显著性富集(P<0.05)。主要包括脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路、MAPK信号通路、甘油酯代谢、胰岛素信号通路、蛋白质的消化和吸收、cAMP信号通路。(7)结合MeDIP-seq和之前RNA-seq的试验结果,进行DNA甲基化和表达谱的联合分析。结果表明,80个基因存在负相关关系,其中RXRG、GPI、CPT2和GABARAPL1基因显著负相关。(8)从筛选出的与肉质性状有关的差异基因中随机挑选7个差异甲基化基因,采用Pyrosequencing方法进行试验验证,试验结果表明,Pyrosequencing方法差异基因甲基化水平与MeDIP-Seq测序得到的差异基因的表达水平相一致且差异显著,证实了MeDIP-seq测序结果的准确性,实验结果可靠。综上,本试验获得了两种猪种背最长肌组织全基因组DNA甲基化图谱,筛选出了一些与脂肪酸分解、肌内脂肪沉积等肉质性状有关的候选基因,为后续进一步挖掘肉质性状相关的候选基因,研究中外猪种肉质性状差异的分子机理提供了理论依据。