本论文应用环境科学、系统科学、管理科学、社会科学、经济学等学科的理论体系，在科技部863项目“太湖河网区面源污染控制成套技术”中子课题“面源污染控制运行机制与管理”(2002AA601012-7)的资助下，通过查阅国内外文献、实地考察、问卷调查、专家咨询等方法，对农村面源污染管理模式进行了详细研究，得出如下成果： (1)提出了农村面源污染的政府管制、市场化运作和自主治理“三结合”管理模式。借鉴发达国家面源污染控制经验，针对农村面源污染管理存在的没“法”管、没“钱”管和没“人”管问题，本文提出了政府管制、市场化运作和自主治理“三结合”的农村面源污染控制管理模式。并通过在宜兴市大浦镇的示范应用，取得了明显的阶段性成果。 (2)提出建立从国家到地方面源污染控制政策体系的建议，建立了农村面源污染控制“镇、村、户、民”政策体系。为了使面源污染控制有法可依，有章可循，应该建立起国家层面的面源污染控制法规，用以指导地方和部门面源污染控制法规的制定；应该建立、健全相关行业、部门法规中面源污染控制条款，并且要协调各行业、部门中的面源污染控制条款；可以根据国家法规和地方实际，制定地方、流域面源污染控制条例；应该制定国家层面上面源污染控制计划，以指导地方和部门面源污染控制工作。但这些政策体系的建立和完善还尚待时日，而农村面源污染的控制却迫在眉睫。本文立足于发挥各主体的作用，研究建立了面源污染控制镇级规范性指导文件、村级村规民约、家庭考核指标体系及其实施细则和村民守则，并结合村民自治的政策执行途径，将政策落到实处。 (3)建立了基于村民自治和基于生态文化建设进行面源污染村民自主治理的新途径。村民自治不仅是上级(镇级)面源污染控制政策执行的最佳途径，而且是村级面源污染控制政策制定的必由之路，同时还是村民自己管理自己的有效路径。针对农村基层民主的特点，通过政策宣传，政策分解，召开村民代表大会，专家与村民的相互作用，实现自上而下与自下而上相结合的政策执行模式，形成村规民约，全面实施村规民约，协调与监控，将面源污染控制政策落到实处。村民的自觉参与与支持是农村面源污染控制有效自主治理的根本保障。本文研究建立了太湖农村面源污染控制生态文化建设理念、内容、方法和途径，并提出了项目运作过程中生态文化建设的三阶段论。在项目前期，重点加强对项目工程意义的宣传；在项目中期，重点对项目进行过程中存在问题进行宣传教育；在项目后期，重点对工程后续维护运行进行宣传教育。 (4)建立了面源污染控制工程长效运行机制。根据市场化运作原理，提出包括融资、运营、监督和保障等子系统为一体的多元化、多主体优化组合的面源污染控制工程长效运行管理机制体系。建立了农村面源污染控制工程的公司化运作和村委会运作机制；政府、公司、公众三方监督机制和包括政策保证、宣传教育和奖惩机制在内的保障机制；重点研究建立了面源污染控制的融资机制。 根据多机制优化组合，建立了污水、垃圾和农田为代表的三类面源污染控制工程的多元化融资主体模式。对污水处理工程融资主体包括国家、地方、企业、外方融资和基金、债券、彩票等；对垃圾处理工程融资主体包括地方融资、公司融资和个人融资等；对农田面源污染控制工程融资主体模式包括国家、地方、公司和个人融资等。同时提出为了促进各融资主体资本进入面源污染控制工程建设，应建立相应的政策保障机制。 依据环境权理论，探索了一种农村面源污染工程费用分摊方法。按此方法，对2002年～2005年863项目在大浦镇建设的面源污染控制工程运行费用50万元进行分摊，结果表明，政府、村集体和个人分摊比例分别为57％、33％和10％。按照大浦镇政府、村集体和个人的经济能力和支付意愿，完全有能力担负的。该方法为农村面源污染控制工程的长效运行的资金保障提供了可操作的办法。