北极王湾可培养细菌的多样性及两株黄杆菌的多相分类学研究

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北极王湾(Kongsfjorden)位于斯匹次卑尔根岛(Spitsbergen,为斯瓦尔巴德群岛最大岛屿)西北海岸,覆盖面积大约有209km2,为北极高纬度地区大陆冰盖边缘处发育的一典型峡湾。该地区蕴含着丰富的微生物资源,由于其特殊的地理位置和气候环境,这些微生物进化出独特的生理代谢特征,具有重要的生态功能,因而具有重要的研究价值和广阔的应用前景。本文自北极王湾海域表层海水、海底沉积物和潮间带砂质沉积物样品中共分离到295株细菌,首先对这些可培养细菌的多样性进行了研究,进一步对分离得到的两株黄杆菌科的细菌进行了多相分类学分析,最终确定了这两株细菌的分类地位。1.北极王湾可培养细菌的多样性分析。本文自北极王湾海底沉积物、潮间带砂质沉积物和膜过滤表层海水样品共分离到细菌菌株295株。对这些细菌的16S rRNA基因序列进行测序,序列分析表明自表层海水样品中分离得到的细菌菌株分别属于γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)的Pseudoalteromonas、Vibrio、Alteromonas和Psychrobacter等属,α-变形菌纲(α-Proteobacteria)的Sphingorhabdus属,芽孢杆菌纲(Bacilli)的Bacillus属,放线菌纲(Actinobacteria)的Kocuria和Rhodococcus等属及黄杆菌纲(Flavobacteriia)的Maribacter、Cellulophaga、 Flavobacterium、Bizionia和Olleya等属;自海底沉积物样品中分离得到的细菌菌株分别属于γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)的Pseudoalteromonas、 Enterobacter、Vibrio、Photobacterium、Psychromonas、Alteromonas和Psychrobacter等属,α-变形菌纲(α-Proteobacteria)的Sphingorhabdus属,放线菌纲(Actinobacteria)的微球菌属(Microbacterium),芽孢杆菌纲(Bacilli)的Bacillus属及黄杆菌纲(Flavobacteriia)的Flavobacterium、Aestuariicola、 Algibacter、Formosa、Bizionia和Polaribacter等属;自潮间带沉积物样品中分离得到的细菌菌株分别属于γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)的Pseudoalteromonas、Psychromonas、Shewanella、Psychrobacter、Marinomonas和Pseudomonas等属和芽孢杆菌纲(Bacilli)的Planococcus属。2.菌株SM1202T的多相分类学研究菌株SM1202T分离于北极王湾海洋沉积物样品。菌株SM1202T在TYS固体培养基平板上形成橙黄色,圆形的,光滑的且凸起的菌落,革兰氏染色反应为阴性,细胞呈杆状,没有鞭毛,可分泌大量的胞外多糖。其生长温度范围为4-35°C,最适生长温度为25°C;生长NaCl浓度范围为1-5%(w/v),最适生长的NaCl浓度为2.0%;生长的pH范围为5.5-8.5,最适生长的pH值为7.0。菌株SM1202T不能够还原硝酸盐为亚硝酸盐,其氧化酶和触酶反应为阳性。该菌株能够水解酪蛋白、淀粉、Tween20,不能水解琼脂、DNA、明胶、Tweens40、60、80和七叶苷。菌株SM1202T的主要脂肪酸为:iso-C15:0.iso-C15:03-OH、iso-C13:0、 C15:0、iso-C15:1G、iso-C17:03-OH和C15:1ω6c。该菌株的主要呼吸醌为MK-6,主要的极性脂类为:磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine,PE),一种未鉴定结构的极性脂(one unidentified lipid, L),两种未鉴定结构的含氨基磷脂(two unidentified aminophospholipids, APL1-2)和一种未鉴定结构的含氨基极性脂(one unidentified aminolipid, AL)。菌株SM1202T的基因组DNA的G+C含量为36.4mol%。16S rRNA基因序列分析表明菌株SM1202T与Polaribacter dokdonensis KCTC12392T具有最高的序列相似性(94.2%),而与Polaribacter属内其他种的模式菌株的16S rRNA基因序列相似性为92.7%-93.9%。基于16S rRNA基因序列构建的系统进化树显示菌株SM1202T与Polaribacter属成员聚集成簇,并在簇外围形成单独的进化分枝。基于以上多相分类学数据,菌株SM1202T代表Polaribacter属的一个新种,命名为Polaribacter huanghezhanensis sp. nov.。菌株SM1202T (=CCTCC AB2013148T=KCTC32516T)为该新种的模式菌株。3.菌株SM1203T的多相分类研究菌株SM1203T分离自北极王湾表层海水样品。菌株SM1203T在TYS固体培养基平板上形成黄色,圆形的,凸起的菌落。该菌株为好氧的,革兰氏阴性细菌。细胞呈短杆状,没有鞭毛,可分泌大量的胞外多糖。其生长温度范围为4-30°C,最适生长温度为20°C;生长NaCl浓度范围为1-6%(w/v),最适生长的NaCl浓度为2.0%;生长的pH范围为5.5-8.5,最适生长的pH值为7.0。菌株SM1203T不能还原硝酸盐为亚硝酸盐,其氧化酶反应为阴性而触酶反应为阳性。该菌株能够水解酪蛋白、淀粉、Tweens20、40、80、明胶,不能水解琼脂、DNA、Tween60和七叶苷。菌株SM1203T的主要脂肪酸为iso-C15:0、iso-C15:1G、anteiso-C1s:0和C15:o。该菌株的主要呼吸醌为MK-6,主要的极性脂类为:磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine,PE)、两种未鉴定结构的极性脂(two unidentified lipids,L1-L2)、一种未鉴定结构的磷脂(one phospholipid, PL)、一种未鉴定结构的含氨基磷脂(one unidentified aminophosphalipid,APL)和三种未鉴定结构的含氨基极性脂类(three unidentified aminolipids, AL1-AL3)。菌株SM1203T与Formosa spongicola KCTC22662T (96.8%)和Bizionia paragorgiae KCTC12304T (96.3%)具有最高的16S rRNA基因序列相似性,而其与Bizionia属内其他种的模式菌株的16S rRNA基因序列相似性为95.4%~96.3%。基于16S rRNA基因序列构建的系统进化树显示菌株SM1203T与Bizionia属的成员聚集成簇。菌株SM1203T基因组DNA的G+C含量为34.8mol%。基于以上多相分类学数据,菌株SM1203T应代表Bizionia属的一个新种,命名为Bizionia arctica sp. nov.。菌株SM1203T (=CGMCC1.12751T=CCTCC AB2013360T)为该新种的模式菌株。
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