氧化应激相关基因与胶质瘤患者预后关系的研究

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研究背景:胶质瘤是原发恶性脑肿瘤,高级别胶质瘤恶性程度高,侵袭性强,预后差。氧化应激在胶质瘤的发生、发展以及耐药性的产生中起着重要作用。研究目的:本研究旨在综合利用多种生物信息学方法评估胶质瘤中氧化应激相关基因(OSRG)预测临床预后的价值。研究方法:运用基因集富集分析(GSEA)数据库检索全部OSRGs。从中国脑胶质瘤基因组图谱数据库(CGGA)中获取胶质瘤患者和正常对照样本的基因表达谱数据,筛选与胶质瘤疾病相关的OSRGs。对筛选出的基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。将胶质瘤患者的基因表达数据和相应临床数据整合,运用单因素和多因素Cox回归分析筛选预后相关的OSRGs。对筛选出的基因进行Pearson相关性分析,基因互作分析和蛋白互作分析。运用人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas)对蛋白表达情况进行检验。构建风险评分模型并对高低风险患者进行Kaplan-Meier生存分析,并根据其他重要临床病理特征进行亚组生存分析。运用受试者工作曲线分析、主成分分析等方法对风险评分模型的独立预后价值进行评估,利用分层分析探究不同临床特征下胶质瘤患者风险值的分布情况。运用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对模型进行外部验证。利用风险评分模型和其他重要临床病理特征构建列线图预测胶质瘤患者存活率,以便于临床应用。研究结果:共计453个OSRGs纳入研究。本研究筛选并确定了 21个疾病相关的OSRGs。富集分析表明,这些OSRGs参与了氧化应激过程和癌症相关通路。之后,本研究筛选出14个预后相关的OSRGs,并构建了风险评分模型。Kaplan-Meier生存分析显示,高、低风险组患者的总体生存期(OS)具有显著差异(P<0.001)。且在不同的亚组下高、低风险患者的OS仍具有明显差异。1年(AUC=0.751)、3年(AUC=0.850)和5年(AUC=0.864)生存率的ROC分析和多因素Cox回归分析(危险比HR=1.296,P<0.001)均表明模型具有良好的独立预后价值。PCA分析显示模型对患者具有良好的区分能力。TCGA外部验证表明,该模型仍具有良好的预测结果:生存分析显示高、低风险组OS存在显著差异(P<0.001);1年、3年、5年生存率ROC分析的AUC分别为0.799、0.839和0.802;多因素Cox回归中HR=1.288(P<0.001)。最后,本研究构建的列线图可以计算并预测胶质瘤患者在1年、3年和5年的存活率。研究结论:基于预后相关OSRG基因构建的风险评分模型可以有效预测胶质瘤患者的预后,该风险值是胶质瘤患者临床预后的独立风险因素。因此,OSRG基因对胶质瘤的预后预测具有重要的临床应用价值,这为氧化应激和胶质瘤之间的关系提供了新的见解,并为胶质瘤患者提供了潜在的治疗策略。
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