沙门氏菌是一种重要的人畜共患病原菌和食源性病原菌,对禽类养殖业和人类的健康危害巨大。其血清型众多,不同血清型对鸡的致病性不同。抗菌药物的大量使用,使得沙门氏菌耐药水平出现逐渐上升的趋势。目前对我国多年代、多地区鸡源沙门氏菌血清型和耐药性的系统分析较少,因此研究我国鸡源沙门氏菌的血清型分布和耐药性变化趋势,有利于为我国沙门氏菌流行病学的研究和抗菌药物的使用提供科学依据。近年来,生物信息技术的快速发展为解析细菌全基因组序列（WGS）提供了技术支持,尤其在沙门氏菌的血清分型、耐药性以及分子分型等方面,WGS测序与生物信息技术的结合（WGS测序分析技术）能够快速、简便地分析并得出结果,且具有特异性强、灵敏度高等优点,有望成为研究沙门氏菌流行性、耐药性、分子分型等方面的重要技术手段。因此,本研究收集我国不同地区近50年的鸡源沙门氏菌,运用常规检测方法和WGS测序分析技术进行了血清型、耐药性及分子流行病学等方面的分析,并对研究结果进行了分析比较。主要内容如下:首先,收集1970～2020年北京、广东、江苏等11个省市的鸡源沙门氏菌412株,复苏鉴定后分别用平板凝集方法、WGS测序分析技术对沙门氏菌进行了血清分型,并对两种分型结果进行了比较分析。结果发现不同年代、不同地区沙门氏菌的血清型分布不同,2000年前和2000年后沙门氏菌的优势血清型分别为鸡白痢和肠炎,四川、北京等6个地区的优势血清型均为肠炎,广东、江苏主要为鸡白痢。两种血清分型方法的总体符合率为94.9%。此外,本研究还对液相芯片分型技术进行了比较研究,结果表明其准确性和可靠性均低于平板凝集方法和WGS测序分析技术。其次,运用微量肉汤稀释法和WGS测序分析技术分析了我国不同地区近50年的鸡源沙门氏菌对11种抗菌药物的耐药性情况,并对结果进行了比较分析。药敏试验结果表明,沙门氏菌对磺胺异噁唑、氨苄西林的耐药率最高,对美罗培南敏感;不同血清型的沙门氏菌对抗菌药物的耐药水平差异较大,其中肠炎沙门氏菌对粘菌素、奥格门汀、四环素和复方新诺明的耐药率明显高于鸡白痢沙门氏菌,而对磺胺异噁唑的耐药率低于鸡白痢沙门氏菌。不同年代、不同地区分离株的耐药性不同,除黏菌素外,沙门氏菌对其余抗菌药物的耐药性随时间推移逐渐增高,对磺胺异噁唑、四环素和粘菌素的耐药率存在明显的地区差异。WGS测序分析技术预测的耐药性结果与微量肉汤稀释法结果的总体符合率为94.1%,其中对于耐药基因与耐药性具有明显相关性的药物（磺胺类、β-内酰胺类和四环素类）,两种结果的一致性较高,而对于染色体突变等其他原因导致的药物（黏菌素）耐药性,结果一致性较差。然后,利用WGS测序分析技术进行了沙门氏菌的分子分型、毒力基因和噬菌体分型的研究,并与分子分型、血清型、耐药性等结果数据进行了分析比较。沙门氏菌的分子分型结果具有多样性,其中多序列位点分型（MLST）分型方法共鉴定出26种ST型,优势型为ST11,沙门氏菌的ST型与血清型和分离地区之间具有相关性;沙门氏菌携带多种毒力基因,所有菌株均携带inv A、mgt C、mis L基因;超过半数的沙门氏菌携带前噬菌体500465-1;对沙门氏菌的单核苷酸多态性（SNP）、血清型、耐药性、毒力基因等数据的比较分析表明,不同血清型的沙门氏菌具有不同的进化时间和分支,其中肠炎沙门氏菌进化时间最早,相同血清型的沙门氏菌具有较高的亲缘性,未发现沙门氏菌的SNP与耐药性和毒力基因之间的明显相关性。总之,本研究对不同地区、不同年代的鸡源沙门氏菌进行了血清型、耐药性和分子流行病学的研究,并比较分析了常规方法和WGS测序分析技术的优劣,为我国鸡源沙门氏菌的流行病学、耐药性研究及WGS测序分析技术的应用提供了数据支持。