基于生物信息学方法分析和挖掘肺癌预后标记物

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研究背景:肺癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,也是因癌症死亡最主要的原因。肺癌患者的5年生存率因分期和地区差异分布在4%-17%。非小细胞肺癌约占肺癌85%-90%,主要包括肺腺癌、肺鳞癌和大细胞癌三种亚型。整合素(Intergins,ITGs)是异质二聚体糖蛋白,在肿瘤的发生和发展过程中具有重要作用。研究报道ITGA11、ITGB4和ITGB8在多种癌症中异常表达,可能与促进肿瘤细胞侵袭和转移有关,然而,ITGA11、ITGB4和ITGB8在非小细胞肺癌中的表达和预后情况暂不清楚。研究目的:通过多种数据库和生物信息学方法分析ITGA11、ITGB4和ITGB8在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)和肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)患者中的表达谱情况,并进行预后分析。研究方法:在ONCOMINE和GEPIA平台查询待研究基因在肺腺癌和肺鳞癌中的表达情况。分别下载TCGA和GEO数据库中肺腺癌和肺鳞癌的表达数据到R语言中进行表达谱分析,验证数据库分析结果。使用R语言进行Kaplan-Meier生存分析和cox回归分析,探索待研究基因与患者预后的关系。研究结果:ONCOMINE和GEPIA在线分析显示ITGA11、ITGB4在肺腺癌和鳞癌中表达显著升高,ITGB8在肺鳞癌中表达明显上调。原始数据分析结果与在线分析结果基本一致。ITGB4与肺腺癌患者的总生存期显著相关,是肺腺癌患者预后的独立预测因子。结论:与正常对照组织相比,ITGA11、ITGB4在肺腺癌和肺鳞癌组织中的表达量显著上调,ITGB8在肺鳞癌组织中的表达明显升高。ITGB4与肺腺癌患者的预后明显相关,是肺腺癌患者预后的独立预测因子,可能成为肺腺癌预后的分子标记物。研究背景:肺癌位居全球癌症相关死因的第一位,是威胁人类健康的重大疾病。肺腺癌是肺癌常见的亚型,约占肺癌的40%左右,其发病率呈现逐渐上升的趋势。尽管近年来肺腺癌的治疗手段得到了提高,肺腺癌患者的预后仍不够理想。对肺腺癌患者进行更为准确的预后预测,从而在此基础上制定个体化的治疗方案,可能会给患者预后带来获益。研究方法:下载并预处理GSE75037、GSE32863和TCGA-LUAD数据集。使用相应的注释文件进行基因转换及提取。分别使用limma包和DESeq2包来提取三个数据集中的差异表达基因。对3个数据集中的上调和下调差异表达基因进行GO和KEGG分析,初步探索共有差异表达基因相关生物学功能。使用单因素和多因素cox回归分析来分析并提取与肺腺癌患者总生存期显著相关的基因。在风险评分公式的基础上,构建肺腺癌患者的预后模型。使用Kaplan-Meier曲线和时间依赖性ROC曲线对预后模型进行评估。研究结果:三个数据集共有的上调和下调差异表达基因分别为295和484个。单因素及多因素回归确定11个差异基因与预后显著相关。基于11个基因构建的预后预测模型可以有效预测患者预后,并且是独立的预后预测因子。结论:研究表明,以11个预后显著相关基因构建的风险评分预测模型,可能为肺腺癌患者提供更为准确的预后风险分层。此外,风险评分与分期联合的预测模型可以更好地评估早期肺腺癌患者的预后。
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