我国的关联交易问题是伴随着证券市场的发展而产生的。它与初步发展的中国资本市场和以股份制改造为核心的企业改制存在着天然的联系。关联交易，从理论上讲属于中性范畴，它既不属于单纯的市场行为，也不属于内幕交易。上市公司的关联交易行为，一方面为企业节约了交易成本，提高了运营效率；另一方面却成为上市公司为取得配股资格或实现扭亏为盈，避免被“ST”或“PT”而进行利润操纵的重要手段。大量非公允关联交易的存在，扭曲了资本市场资源配置的功能，并严重损害了上市公司中小股东、债权人和其他利益相关者的利益。关联交易问题是企业内部产生的，然而单靠企业自身的力量已难以阻挡越来越多的不正当的关联交易的发生，因此世界各国越来越重视对上市公司关联交易的监管。美国“安然事件”——构造特殊目的实体（SPEs）和中国的“银广夏事件”——虚构关联交易，让国内外投资者对非公允关联交易舞弊的危害有了深刻认识，同时也为外部审计机构敲响了警钟。安达信会计师事务所和中天勤会计师事务所的倒闭说明了注册会计师并不能在这些事件中独善其身。唯一的手段就是加大对关联交易的审计力度。外部监管和企业舞弊是一个动态博弈的过程，《萨班斯法案》的颁布并非问题的终结，只是战斗的开始。现在关联交易变得越来越复杂化和隐蔽化，不规范披露的现象也层出不穷，加大关联交易审计力度已变得刻不容缓。2006年和2010年财政部对关联方审计准则的两次重大改进和完善，为注册会计师对关联交易的审计指明了道路。然而，纵观目前关联交易审计现状，关联交易审计实务问题仍然层出不断，理论研究脱离实际，停滞不前。本文通过总结目前我国在关联交易审计中存在的问题，深入剖析问题的成因，并借鉴国内外法律法规和先进制度，从各个层面提出关联交易审计问题的解决对策，力争为关联交易审计理论研究注入新的活力，对关联交易审计实务起到推动作用。本文采用规范研究方法，共分为六个部分进行论述。第一部分是引言，主要介绍本文的研究的背景及意义、相关的文献综述、研究方法与思路以及论文基本框架等。第二部分对关联交易审计进行了概述，首先对关联方及其交易进行了界定，然后论述了关联交易审计的含义、内容和原则，最后介绍了相关理论基础。第三部分总结了目前我国关联交易审计存在的问题，表现在四个方面：关联交易审计理论和实务脱节，关联交易审计意识不强，关联交易审计过程不规范，关联交易审计结果不理想。第四部分是对关联交易审计问题从不同角度进行了深入的成因分析，包括关联交易的特殊性、关联交易相关制度、会计师事务所内部管理、审计人员和审计程序五个角度。第五部分提出了完善我国关联交易审计的对策，分为四个层面：完善关联交易相关制度，加强会计师事务所内部管理，提高审计人员自身素质，建立有针对性的关联交易审计程序。第六部分结束语，本文的研究结论以及研究局限。