IncHI2-IS26-Class 1 Integron介导的鼠伤寒沙门氏菌多重耐药

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鼠伤寒沙门氏菌是非伤寒沙门氏菌中一种重要的血清型。随着抗生素在临床和养殖业的滥用,鼠伤寒沙门氏菌的耐药情况日趋严重。获得性耐药是细菌耐药性传播的主要原因,其中可接合型质粒的水平接合转移无疑是最重要的传播形式,质粒上的耐药基因盒可以在插入序列和整合子的协同作用下转移。其中I型整合子是携带IntI1整合酶的一类可以捕获外源耐药基因盒的的遗传元件系统;IS26是一种在沙门氏菌中十分常见的可自主转座的移动元件,常常发现存在于质粒上介导临近耐药片段的转移甚至激活耐药基因的表达,二者的存在可能极大地影响耐药性传播的效率。本研究内容及结果如下:1、使用PCR扩增法对255株鼠伤寒沙门氏菌进行IncHI2、IS26和IntI1酶的筛查,其中共检出62株IncHI2阳性菌株,包括临床源的42株(42/180,23.3%)和食品源的20株(20/63,31.7%)。在62株携带IncHI2质粒的鼠伤寒沙门氏菌中,除了一株分离自腹泻病人的SJTUF13368未检出intI1基因以外,其余61株菌均携带intI1基因和IS26,I型整合子和IS26在IncHI2阳性菌株中的检出率高达98.4%(61/62)。2、使用CLSI推荐的琼脂稀释法测定61株IncHI2、IS26和intI1基因阳性菌株的耐药谱,所有菌株耐受磺胺异恶唑(100.0%),其次是氨苄西林和复方新诺明,耐药率达到了90.2%;对四环素、萘啶酸、氯霉素、链霉素、卡那霉素、阿莫西林-克拉维酸、庆大霉素、环丙沙星、头孢噻呋、头孢曲松和头孢西丁的耐药率分别达到75.4%、73.8%、63.9%、60.7%、47.5%、44.3%、42.6%、39.3%、8.2%、8.2%和1.64%。所有菌株都对阿米卡星、头孢噻吩和阿奇霉素敏感。其中41株临床源和20株食源性的鼠伤寒沙门氏菌对卡那霉素、庆大霉素、链霉素、氯霉素、环丙沙星、萘啶酸、四环素、复方新诺明、磺胺异恶唑、氨苄西林和阿莫西林-克拉维酸的耐药率之间无显著性差异(P>0.05)。3、对61株三重可转移元件阳性菌株进行接合转移实验,其中使用液体接合法得到24株接合子,使用膜过滤法得到11株接合子。在35株接合子中,除了一株供体菌为临床分离株的SITUF11216-TC未检出IS26以外,其余接合子均携带IS26(97.1%);17株(48.6%)接合子检出了IntI1整合酶基因,包括5株食源性沙门氏菌接合子和12株医源性沙门氏菌接合子。4、使用PCR质粒复制类型筛查方法对35株接合子进行质粒不相容群鉴定,其中14株接合子只携带IncHI2类型质粒,SJTUF10405-TC携带IncHI2和IncI1类型质粒,SJTUF13383-TC携带IncHI2和IncA/C类型质粒,其余19株接合子不携带18种质粒复制类型中的任何一种。35株接合子对13种抗生素的耐药表型测定表明,磺胺异恶唑、头孢曲松、头孢噻呋抗性的转移率最高,达到了100.0%,其次是萘啶酸(96.7%)、阿莫西林-克拉维酸(75%)、氨苄西林(48.9%)、复方新诺明(46.7%)、氯霉素(43.5%)、卡那霉素(40%)、庆大霉素(40%)、环丙沙星(36.4%)、链霉素(22.7%)和四环素(19.2%)。5、使用S1-PFGE对接合子质粒大小进行研究后发现,15株接合子有单一的质粒条带,其中14株接合子质粒大小在200.0 kb左右,只有一株SJTUF 11216-TC质粒大小约70.0 kb,推测为IncI1质粒。6、对15株接合子的供体菌进行二代测序后,基因组序列上传至MLST数据库确定ST型。同时提取蛋白质序列使用CARD数据库(The Comprehensive Antibiotic Resistance Database)对这15株鼠伤寒沙门氏菌进行耐药序列比对分析,以相似度90%为标准进行筛选,鼠伤寒沙门氏菌全基因组含有氨基糖苷类耐药基因(aac(6’)-Iaa、aac(6’)-Ib3、aac(3)-IV、aph(4)-Ia、aph(6)-Id、aph(3’)-Ia、aadA1、aadA2)、喹诺酮类耐药基因(qacH、oqxA、oqxB)、四环素类耐药基因(tetA、tetR)、利福平耐药基因(arr-3)、氯霉素耐药基因(floR、cmlA6、catB3)、磺胺类耐药基因(sul1、sul2、sul3)、甲氧苄啶耐药基因(dfrA12)和β-内酰胺类耐药基因(blaTEM-1、blaOXA-1、blaCTX-M-14)。且15株鼠伤寒沙门氏菌均属于ST34,同时不同耐药基因种类数目在15株菌株间没有显著性差异(P>0.05)。使用BLASTN对二代测序数据进行耐药基因盒预测分析,得到I型整合子的两种排布模式。综上所述,本文分析了鼠伤寒沙门氏菌携带可移动遗传元件的特征,同时探究了鼠伤寒沙门氏菌菌株的耐药基因携带情况和ST型,分析了IncHI2-IS26-I型整合子介导的多重耐药鼠伤寒沙门氏菌可转移特征,对追踪监控鼠伤寒沙门氏菌的耐药传播具有重要意义。
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