癞蝗线粒体基因组的比较分析

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本研究通过PCR直接测序法与克隆测序法获得蓝胫沟笨蝗与笨蝗的线粒体基因组全序列,结合GenBank上已收录的8种癞蝗科昆虫线粒体基因组序列,运用生物信息学的方法对10种癞蝗线粒体基因组结构、组成、排列顺序、蛋白质密码子偏向性以及碱基组成等特点进行了比较分析,并采用NJ法、ML法和贝叶斯法构建系统树,探讨了10种癞蝗科昆虫的系统发育关系。  1、本研究所测定的蓝胫沟笨蝗与笨蝗的线粒体基因组全序列的长度分别为15666bp和15662bp,注释结果显示,2种蝗虫的线粒体全基因组均编码37个基因,包括13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因,还有一段位于trnI和rrnS之间的非编码区即A+T富含区。  2、蓝胫沟笨蝗与笨蝗的线粒体基因组存在明显的AT碱基偏向性,蓝胫沟笨蝗与笨蝗的全基因组AT含量分别为72.0%、72.3%,rRNA基因AT含量均为72.9%,22个tRNA基因AT的含量分别为69.9%、69.5%,AT富含区为线粒体基因组中AT含量最高的区域,此区域AT的含量分别为80.8%、80.9%,这一数值明显高于其它基因区域。  3、蓝胫沟笨蝗与笨蝗的线粒体基因组的组成结构非常紧密,但也存在一些间隔与重叠的区域。蓝胫沟笨蝗线粒体基因之间总共有19个基因间隔区,全长为102bp,4个基因重叠区,全长为23bp,笨蝗线粒体基因之间总共有17个基因间隔区,全长为97bp,4个基因重叠区,全长为23bp。  4、癞蝗科10种蝗虫线粒体基因组中AT的平均含量为71.8%,蛋白质编码基因AT含量的平均值为71.3%,rRNA基因AT含量的平均值为72.4%,tRNA基因AT含量的平均值为69.6%,而AT富含区AT含量的平均值高达81.3%。  5、癞蝗科10种蝗虫AT的偏斜率均为正值,这说明这10种蝗虫线粒体基因组中碱基A的含量是高于碱基T的含量,而GC的偏斜率均为负值,这说明这10种蝗虫线粒体基因组中碱基G的含量是低于碱基C的含量。  6、癞蝗科10种昆虫的最大重叠区均位于trnW-trnC之间,最大重叠值均为8bp,最大间隔区均位于trnS(UCN)-nad1之间,最大间隔区除土尔蝗为25bp其余的均为26bp。  7、癞蝗科10种蝗虫线粒体基因组中13个蛋白编码基因的保守度高的有COI、ND1及COIII,而ND3的保守度为最低,16srRNA的保守度高达84%,而12srRNA的保守度为81.5%。  8、除贺兰短鼻蝗、红缘疙蝗、裴氏短鼻蝗的nad6基因的起始密码子为GTG,所有的cox1基因的起始密码子为CCG外,其余的蛋白质编码基因均是以典型的ATN作为起始密码子,10种癞蝗的13种蛋白质编码基因中的atp8基因、atp6基因、cox3基因、nad4L基因、nad6基因均使用TAA作为终止密码子,nad2、nad1的终止密码子均为TAG,cox1基因、nad3基因、 nad5基因的终止密码子为T。  9、基于13个蛋白质的编码基因,将癞蝗科的23种昆虫通过NJ法、Bayes法重建系统发育树。结果显示,癞蝗科的10种昆虫聚为一支位于系统树的端部。其中,蓝胫沟笨蝗、笨蝗及驼笨蝗聚为一支隶属于癞蝗亚科,红胫波腿蝗、贺兰短鼻蝗、红缘疙蝗、裴氏短鼻蝗、蓝胫波腿蝗聚为一支隶属于锯癞蝗亚科;斑翅蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科、槌角蝗科及剑角蝗科组成了第二分支位于蝗总科单系群的中部,其中,槌角蝗科和网翅蝗科互为姊妹群;瘤锥蝗科和锥头蝗科互为姊妹群位于癞蝗科系统树的基部。
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