土地承包经营作为一种制度已经被确立起来,国企建立起了现代法人制度,所以承包经营完成了其历史的使命,但是承包经营并没有就此退出历史舞台,反而在有限责任公司中生存下来。有限责任公司的股东承包经营表现为公司由一个股东承包经营,该股东向其他股东支付承包费用,其他股东不再参与公司的利润分配,如承包期间有亏损,则由承包股东自己承担。在相当多的诉讼中,有一方明确提出,公司的承包经营合同违反了公司法关于公司治理结构的强制性规定,应属无效。但是通过检索大量的案例,法院并没有给出符合逻辑的说理。本文通过引入典型的案例,对有限责任公司股东承包经营合同的争议进行总结,分析法院裁判的逻辑,从而找到争议背后涉及的理论问题并进行分析,通过分析中国现行的法律,明晰造成当前问题的原因。本文在布局和结构上,除了序言和结语外,共分四章:第一章列举了两个典型的案例,案例案情类似,但判决结果截然相反,总结出这类合同在实践中的争议,即合同主体到底是哪两方以及经营权能否集中在同一个股东手中。第二章分析了法院说理存在的问题。即法院如果主要从合同法的视角来审视这类合同,就会出现解释上的两个困境,合同标的是什么以及谁具有诉权。实践中对于这类合同的标的,不同的法院观点不一致。实践中,如果以公司名义签订的合同,其余股东提出诉讼时,也没有依照公司法的规定来判断诉讼主体是否适格的问题。因此,需要从公司法的视角来审视这种承包经营合同,以及分析承包经营行为是否违背了公司法的强制性规定。第三章通过对承包经营合同的本质分析发现,承包经营行为的实质是通过股东协议进行公司治理。因此,股东协议在公司治理方面具体可以适用到什么程度是讨论的重点。通过中外法律和理论的比较分析发现,这需要区分不同的公司类型以及公司法的规定哪些可以被当事人排除适用。同时,这里还涉及股东协议和股东会决议以及股东协议和公司章程之间的关系问题。第四章分析承包经营合同在适用过程中出现争议的原因。我国公司法规范对不同类型的公司区分不足。相关有限责任公司和股份有限公司的相关内容尽管在不同的章节,但实际却是同一套规则,这就导致某些本该在有限责任公司作为任意性的规范变成了强制性规范。另外在学界,对于公司结构型规范的性质也存在争论,有学者认为,结构型规范是公司区别于合伙的重要特征,然而从组织法的角度看,公司跟合伙的本质区别在于对债权人权利以及股东利益保证的强弱不一样,形式特征并不是最本质的。