代谢相关基因NT5E与胰腺癌增殖、迁移、侵袭相关性的研究

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目的:胰腺癌(Pancreatic cancer,PC)是恶性程度非常高的消化系统肿瘤,致死率非常高,患者的预后相当不理想。正如我们所知,能量代谢重编程已经被认为是癌细胞新兴表型之一,代谢的改变也对PC的发生发展产生了非常重要的影响。本研究旨在建立并验证基于代谢相关基因(Metabolism-related genes,MRGs)的PC预后模型,用于PC的诊断和预后预测,并指导PC的精准治疗。方法:分别从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA),基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和分子特征数据库(The Molecular Signatures Database,MSig DB)中获取具有临床信息的PC样本的基因序列数据和代谢相关基因集。使用“limma”R软件包对差异表达的MRGs进行筛选。然后进行单因素Cox回归分析,找出与PC总生存期(Overall survival,OS)相关的MRGs。通过套索算法(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator,LASSO)回归去除过度拟合的MRGs,最后根据多因素Cox回归分析获得预后模型。同时,在国际癌症基因组联盟(The International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据集中对该模型进行了外部验证。构建列线图模型,用于预测PC的1年、2年和3年OS,使用校准曲线对列线图模型的性能进行评估。随后,利用基因组富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)软件获得高低风险组患者所富集的代谢相关通路。对PC样本的突变负荷进行分析,探索不同风险的患者其基因突变的情况是否有所不同。为了充分了解肿瘤免疫微环境的情况,使用了7种免疫浸润算法计算不同PC标本中肿瘤浸润免疫细胞的差异。通过蛋白质印迹法(Western blot,WB)和实时定量PCR(q RT-PCR)方法,验证了3个MRGs在胰腺癌细胞系中的蛋白质和m RNA表达水平。最后通过细胞功能实验和裸鼠皮下荷瘤实验验证特征基因NT5E对PC恶性生物学行为的影响。结果:初步鉴定出22个TCGA数据库和GEO数据集中共同存在的差异表达的MRGs,单因素Cox回归发现其中9个与PC的预后存在显著关联。LASSO回归和多因素Cox回归分析建立了一个3-MRG[Cytochrome P450 family 2 subfamily C member 18(CYP2C18),Inositol polyphosphate-4-phosphatase type II B(INPP4B)和5’-nucleotidase ecto(NT5E,也称为CD73)]的预后模型。且该预后模型在ICGC外部验证集中得到了验证。列线图模型和校准曲线显示我们的模型预测PC患者1年,2年和3年OS的性能较好。GSEA富集分析结果表明,高风险的患者主要富集于糖酵解和乳酸生成等代谢相关通路。基因突变分析表明,在高风险PC患者中,PC驱动基因的突变频率显著高于低风险的患者。另外,在不同风险的患者中免疫细胞的浸润丰度和免疫检查点的表达情况显著不同。WB和q RT-PCR结果显示,3个MRGs在胰腺癌细胞系中表达水平上调。稳定敲减NT5E后,Capan-2和MIA Pa Ca-2细胞的增殖、迁移和侵袭能力显著下降,且Capan-2细胞体内生长的能力也明显受到抑制。结论:本研究在胰腺癌中建立了一个新型的代谢相关基因预后模型,该预后模型将PC患者划分为高风险组和低风险组,不同风险患者的预后、代谢相关通路、化疗药物敏感性、基因突变情况、免疫细胞浸润和免疫检查点表达均有明显差异。该研究的重要意义在于所建立的预后模型可用于预测PC患者的预后,有助于指导临床中PC患者化疗或靶向治疗等个性化治疗方案的制定。该研究的创新之处在于将模型的风险评分与免疫微环境和免疫检查点联系起来,不同风险的患者所浸润的免疫细胞的类型和比例具有非常大的差异,揭示了免疫微环境的个体差异。另外,免疫检查点表达差异的揭露对患者的免疫抑制剂治疗方案的制定具有非常重要的理论指导价值。最后通过分子、细胞和动物实验验证了NT5E对PC的恶性生物学行为具有重要影响,提示NT5E可能是PC的一个重要生物标志物。
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