【摘 要】
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背景:脑积水临床表现复杂多样,长期预后差。而目前对其生物学机制尚不完全清楚。本研究拟探讨脑积水模型脑组织转录谱改变,以期发现其发病机制及非编码RNA(non-codingRNAs,ncRNAs)的调控作用,寻求潜在的生物标志物和治疗靶点。方法:实验组采用高岭土诱导的脑积水小鼠模型,对照组注射生理盐水,采用MRI评估脑积水程度。继而对脑组织RNA进行RNA-seq,测序数据预测新的miRNA、lnc
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背景:脑积水临床表现复杂多样,长期预后差。而目前对其生物学机制尚不完全清楚。本研究拟探讨脑积水模型脑组织转录谱改变,以期发现其发病机制及非编码RNA(non-codingRNAs,ncRNAs)的调控作用,寻求潜在的生物标志物和治疗靶点。方法:实验组采用高岭土诱导的脑积水小鼠模型,对照组注射生理盐水,采用MRI评估脑积水程度。继而对脑组织RNA进行RNA-seq,测序数据预测新的miRNA、lncRNA、circRNA分子并进行差异表达分析。各选取几个差异表达(differentially expressed,DE)的RNAs进行定量PCR实验验证。利用生物信息学手段进行DE mRNA功能注释及ncRNAs功能和调控机制预测。结果:脑积水组侧脑室较对照组显著扩大。RNA-seq数据分析发现了与脑积水可能相关的1168个DE mRNA,61个DE miRNA,1575个DE lncRNA,348个DE circRNA。定量PCR实验结果与RNA-seq较一致。DE mRNA功能富集在炎症反应和轴突导向相关通路。miRNA靶基因富集在炎症通路。lncRNA功能预测与mRNA注释结果相似,并得到了顺式和反式调控的预测数据。DE circRNA主要集中在突触结构,富集在神经元和突触活动过程。ceRNAs可能通过结合miR-9768-5p、miR-21a-5p、miR-5624-3p、miR-192-3p等介导调控基因表达。结论:本研究首次通过RNA-seq得到了高岭土诱导的脑积水小鼠脑组织的转录谱,筛选出DE mRNAs及ncRNAs。功能分析提示脑积水的发展可能与炎性反应相关,并预测了脑积水中ncRNAs的可能调控机制,特别是ceRNAs。
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