2005 -2006年间对新疆奎屯、石河子、玛纳斯、昌吉、焉耆和博湖等加工番茄主产区进行了加工番茄病毒病的广泛调查。调查发现新疆加工番茄病毒病害各地发病率达73～91%,平均发病率为82.1%,在田间主要表现为花叶、条斑坏死、蕨叶畸形、曲叶和矮化等多种类型的症状,以花叶和坏死条斑为主,其中花叶78%,条斑37%,并且条斑症状90%以上都伴有花叶症状。在采集的221个样品中,通过RT-PCR扩增感病植株的总RNA方法来鉴定病毒的种类,鉴定结果以TMV为优势病毒种类,占86.4%;CMV次之,占28.1%,PVY也有发生,为3.2%,TMV和CMV复合浸染17.6%。另外,调查显示新疆加工番茄病毒病的发生率与栽培措施有一定的关系。从新疆博湖县花叶症状的加工番茄病株中,获得了病毒分离物XJB087,经过症状观察和RT-PCR扩增,证实病毒分离物XJB087是马铃薯Y病毒的一个株系。对病毒分离物XJB087的外壳蛋白基因进行了克隆和序列分析,以提取的RNA为模板,应用RT-PCR扩增,PCR产物克隆到质粒PMD20-T上并序列分析。结果表明,克隆基因的片段由801个核苷酸组成,编码267个氨基酸。与基因库中PVY代表株系相比,结果核苷酸序列与PVYN,PVYO, PVYMN,PVYNTN,的同源率分别为97.1%、98.1%、89.8%、89.9%;氨基酸序列与PVYO,PVYN,PVYMN,PVYNTN的同源率分别为97.3%、98.9%、92.5%、92.1%。通过进化树分析表明XJB087与PVYN株系亲缘关系最近,确定XJB087归于马铃薯Y病毒坏死株系( PVYN株系)。根据GENEBANK中的PVY辅助蛋白基因(HC-Pro)序列设计引物,对病毒分离物XJB087进行了RT-PCR扩增,结果扩增出与预期目标大小相同的片段。通过克隆测序,与基因库中不同代表PVY株系的HC-Pro进行比较,经过进化树分析,与PVYN同源性最高,其中核苷酸同源性为94%,氨基酸同源性92%,进一步证明了PVY加工番茄分离物为PVYN株系。