医药行业是典型的高技术行业，需要以较长时间内持续不断、高额的研发投入为基础，才能取得合理的产出和回报，在企业的持续发展过程中，研发效率是成功的关键。
　　本文选取中国150家上市医药企业在2009年~2018年间的研发投入和产出数据作为分析对象，将企业的研发资金投入作为资金投入变量，平均每个项目花费的时间作为时间投入变量，考虑仿制药产品平均2年的产出滞后期，以2011年~2019年上半年期间获批上市的产品数量为产出变量。将研究对象分为化学药、中药、生物药等三个子行业，分别分析整个医药行业，以及三个子行业中不同公司间投入和产出的相关性，在回顾国内外其他学者相关研究的基础上，使用DEA效率分析模型评价不同企业研发效率的差异。
　　另一方面，假设投入与产出在一定范围内呈线性关系，本文尝试研究在一定时间周期内，引入单位产出的平均资金投入和平均时间投入两个变量维度，通过样本数据回归分析，分别得出两个变量的弹性系数，再通过两个变量系数的加权得到模拟研发效率系数。通过该模型得到的样本企业相对研发效率与DEA模型的分析结果对比，得出该模型用于判断医药企业的相对研发效率与DEA模型结论基本一致。
　　在DEA评估企业效率的基础上，本文分析了医药企业研发效率的行业特征、空间（地域）特征和时间特征，得出不同子行业、不同地域、不同时间段内医药企业研发效率差异显著。
　　本文进一步引入企业规模、企业性质、研发投入比、高学历员工数量、企业主营利润率和复合增长率等几个解释变量，用Tobit模型来检验上述变量对研发效率影响的显著性，最后得出：高学历员工数量、复合增长率与企业研发效率有显著正相关关系，长期效果更明显；企业性质在过去较长内对企业研发效率有一定负相关影响，即国有企业研发效率显著低于民营企业，但最近三年内对效率无影响效果；企业规模在过去较长时间内对研发效率有正相关关系，但最近三年无影响效果；主营业务利润率在过去十年内对医药企业无影响，但最近三年对研发效率影响显著；研发投入比对研发效率的影响不显著；各研究解释变量在不同子行业的影响水平有明显差异。
　　通过讨论医药企业相对研发效率的高低，以及对医药企业研发效率主要影响因素的分析，本文最后对医药行业发展给出了几点建议，有利于中国医药企业的研发方向选择和战略定位，促进医药行业更加健康和高效的发展。