我国区域经济增长的不协调严重影响着国民经济的良性运行、社会的稳定发展和国家现代化战略目标的实现，而导致区域经济增长差异的原因有很多种，其中税收就是重要原因之一，尤其是税种结构对区域经济的影响。毫无疑问，为了适应新的经济形势，缓解中国区域经济增长差异，促进社会稳定，对中国税收结构影响区域经济增长进行深层次研究，有针对性的提出税收结构调整政策建议具有重要意义。本文从税收结构对经济增长的影响出发，首先梳理了税收理论和经济增长理论，在此基础上寻求出了税收结构与经济增长之间的内在联系，分析税收结构对经济增长的影响变量、影响机制、影响路径和经济增长效应，认为各主要税种通过对资本和劳动要素，以及要素的利用效率的影响而作用于经济；其次，选取1998-2012年的数据，从我国31个省总体和区域两部分对我国现行税收结构状况以及主体税种结构和经济增长情况进行详细的统计描述，初步得到我国税种结构对经济增长的直观结论；再次，通过构建面板固定效应模型实证分析了我国增值税、营业税、企业所得税和个人所得税四大主体税种结构对区域经济增长的影响效应，其中，在资本和劳动要素量一定的条件下，增值税对四个区域经济增长的影响都显著为负；企业所得税对与增值税相反，其对四个区域经济增长影响都呈显著为正；营业税对东部地区的经济增长为正向调节，而对中部和西部地区的经济增长则为逆向作用，对东北地区的经济增长影响不显著；个人所得税对东部地区的经济增长呈负向调节，对东北地区的经济增长是正向作用，而对中部和西部地区则影响不明显。这是因为不同税种结构使得各税种在不同区域间的交易费用不同，导致劳动分工和专业化程度不同，要素生产效率不同，间接地对区域经济增长影响产生差异，再有各个区域的经济结构、产业结构和区位优势各不相同，从而造成我国区域经济发展不协调。直接税、所得税对区域经济增长的拉动作用逐渐加强，根据我国现实情况应选择以流转税和所得税为双主体税种的税种结构，来促进区域经济协调增长。最后根据实证结论有针对性的提出了相关税收结构调整政策建议。