自1998年取消福利分房以来，住房问题日益凸显，进入21世纪以来，商品房价格更是急剧攀升。政府近年来不断加大保障性住房的建设力度，提出了“十二五”期间建设3600万套保障性住房的建设目标。代建制改变了原来分散由不同用户分别行使项目管理职能的模式，改为管理职能统一由代建单位行使的模式，形成了政府投资决策更加科学专业，建筑市场行为更加规范的管理模式。本文首先回顾了建设项目投资控制方面的研究，同时通过分析当前保障性住房的各种建设模式，引出代建模式，并对我国目前运用最为广泛的上海模式、深圳模式、北京模式三种典型的代建模式进行对比分析，对其优点予以借鉴，并对南京市的保障性住房建设模式提出建议。紧接着，本文对我国现有的保障性住房建设模式，即建设指挥部形式、企业独立建设和政府与企业共建三种模式的优缺点以及运用实例进行了综合分析和阐述，最终发现政府与企业共建是目前较为理想的保障性住房建设模式，其中的代建制更是拥有诸多优点。并且对杭州、广东和南京等地的保障性住房代建模式进行了研究和介绍。最后，对南京市保障性住房四大片区之D片区进行实证分析，通过对其运作情况、招标执行情况和建设资金筹集及使用情况的考察，发现该片区的政府投资控制有失控的苗头，进而从政府组织构架、设计概算批复、代建单位准入标准、合同条款等方面剖析建设成本偏高的原因。最后，提出通过后期增加补充协议进行挽救，并加强“基层”“第一线”的投资控制力度和发挥监理在投资控制中的作用，从而加强代建制模式下的保障性住房政府投资控制的对策建议。