我国许多中小城市将开发区建设作为寻求新的经济增长点的重要战略,并为加强吸引投资、推动经济发展,在开发区公共项目上的资金投入多达几百亿,但这些城市所采取的管理模式难以满足投资规模巨大、内容多样化、参与单位众多的开发区公共项目建设。首先,开发区公共项目委托方的项目管理能力不强,工作任务繁杂,无暇全程监管项目代理人的行为,而项目一次性促使项目代理人为谋取短期利益采取机会主义行为；其次,政府未能对各开发区公共项目实施统一管理,各开发区在公共项目建设管理上各自为战,缺乏知识共享与经验积累,造成资源的巨大浪费。本文从系统角度分析开发区公共项目管理,运用耗散结构理论研究开发区公共项目管理模式的创新机理,即减少系统总熵,由此提出构建虚拟联盟,转变项目参与方之间的一次博弈关系,进行资源整合、信息共享、长期合作,控制系统熵增,实现互利共赢；在一定思想与原则指导下,构建开发区公共项目虚拟联盟的组织架构,设置由行业专家等组成的项目总控中心,为盟主模块提供信息管理服务和决策支持,这是从系统外引入负熵的有效途径；结合理想点法和线性规划法进行合作伙伴的选择与优化组合,使整个项目建设团队达到最优而不是追求单一业务伙伴的最优；搭建信息平台,使虚拟联盟在信息平台支持下进行组建和运行；提出信任、评价、激励约束三方面的运行保障机制,并研究虚拟联盟模式下如何进行项目主要建设阶段的运作管理,对实际应用具有重要的指导意义。