国债回购制度诞生于1991年，在二十几年的发展历程中，为各类市场主体构建了重要的短期融资平台，对于推进中国金融市场创新做出了积极贡献。在国债回购交易中出现了各类违法违规现象，证券公司挪用投资者国债现象尤为严重。针对这些问题，我国国债回购制度在2006年实行了改革，以期从机制上防范国债回购交易的违规操作。在我国，纸质证券只是短暂的制度停留，很快就被无纸化证券取代。我国自1993年底开始发行无纸化证券，目前各种上市证券已经实现了全面无纸化。在无纸化背景下，国债回购交易继续沿用有纸化时代的思维方式难以解释国债回购制度的构建。对国债回购本质属性的研究及国债回购各方之间的法律关系的研究对于无纸化时代的国债回购制度是有必要的。本论文从国债回购参与各方之间的法律关系分析入手，对实践中出现的问题进行分析并提出了国债回购法律制度的完善建议。本论文共分四部分：第一部分是国债回购制度的概述。本部分首先对国债回购的概念、分类和发展历程进行了概括。其次，对2006年国债回购制度改革进行简要分析，主要阐述了质押式国债回购相关制度及交易原则。最后，对质押式国债回购交易流程进行梳理。以本部分作为基础内容，进行第二、三部分的分析。第二部分是质押式国债回购交易涉及的各方之间法律关系分析。本部分以无纸化给国债回购带来的问题为引，分析了国债回购三方主体，即投资者、证券公司和证券登记结算公司三者之间的法律关系：投资者和证券公司之间的法律关系是间接代理关系；证券公司与证券登记结算公司之间的法律关系是代理关系和清算交收关系；投资者与证券登记结算公司之间的法律关系是登记、存管、质押三种关系。第三部分是质押式国债回购质押关系的判定与处理规则。本部分以长春公积金管理中心与中国证券登记结算有限责任公司上海分公司财产损害赔偿纠纷一案为例，分析质押式国债回购质押关系的判定与处理规则。国债回购在2006年进行改革设立了新规则，国债回购出现的问题在改革前后存在差别。本部分主要对质押关系成立与否、证券登记结算公司能否作为善意第三人行使质权和证券公司挪用投资者国债责任如何承担等问题进行了对比分析。第四部分是完善我国质押式国债回购法律制度的若干建议。旧的国债回购制度交易规则下，产生了大量挪用国债的现象。在无纸化的背景下，新的国债回购制度则需要构建更加合理的制度以规避制度风险。本部分主要阐述了国债回购信托登记制度和国债回购质押登记制度，并对登记结算公司的职能作出分析，以及对责任赔偿提出建议，以期更好地维护国债回购交易的正常运行。