蛋白质是生命体非常重要的生物分子,是生命体主要组成成分和生命活动的主要执行者。蛋白质的生理功能是由蛋白质的结构决定的。因此研究蛋白质的结构非常重要。蛋白质是由20种不同的氨基酸组成的多肽链构成。通过研究多肽链相互之间的非共价键作用,能为蛋白质三维结构的研究奠定基础。本论文主要包括三个阶段的工作：第一阶段研究是利用电喷雾电离质谱对多肽之间非共价键作用的研究。实验中研究的16对五肽来源于蛋白质结构空间距离值小于阈值的肽链,并假设空间距离较近的肽链有相互作用。为了验证假设,利用质谱研究五肽相互作用情况。第二阶段研究是以第一阶段的实验结果为基础,选择32个五肽中有代表性的8个多肽,研究8个多肽两两相互作用,并计算两两相互作用的平衡常数,通过比较平衡常数的大小来判断多肽相互作用的强弱。以第一、二阶段的工作为基础,第三个阶段的工作通过改变肽链长度,肽链序列来探究氢键、疏水作用以及巯基对多肽相互作用的影响。实验最终结果表明,空间距离小于闽值的两个多肽段之间存在相互作用,而这种作用可能是蛋白三维结构形成基础,因此对于蛋白质结构的研究有很要的意义。氢键和疏水作用在多肽分子间的相互作用中起着很重要的作用,氢键和疏水作用的存在有利于多肽相互作用结合。巯基的存在阻碍多肽分子之间的相互作用,而含巯基侧链的肽链倾向于自身相互作用形成二硫键二聚物；加长肽链的长度多肽之间的相互作用无明显变化,虽然加长肽链和增强了多肽间的氢键作用和疏水作用,但是由于巯基侧链阻碍,九肽和五肽仍无相互作用。