杂交在植物进化历史上起着重要的作用,影响生态适应性,且已在农业上被广泛应用。在分子水平上,杂交的直接后果(杂种一代)之一是影响基因表达水平和小RNA的表达模式及表观遗传修饰等变化。这些分子水平的变化可能对杂交种常常显示出的超亲表型(杂种优势)具有重要贡献。多倍化是真核生物进化中普遍经历的过程,特别是当杂交与多倍化共同发生(即异源多倍化)能够诱导产生更为强烈的基因表达变化,被称为“转录组冲击”(transcriptome shock)。基因可变剪接(alternative splicing)是真核生物转录过程中普遍存在且重要的基因调控形式,是从一种类型的mRNA前体产生多种成熟的剪接异构体的现象。有多倍化特别是异源多倍化与基因可变剪接关系的研究目前较少。水稻(Oryza sativa L.)是世界三大主要的粮食作物之一。目前对于水稻杂交加倍后引起的一系列基因表达变化研究已经有所报道,但是对于可变剪接模式很少被提及,所以本研究侧重于杂交加倍过程中发生的可变剪接变化进行研究,可以更深入的理解转录的复杂性。本研究以水稻为实验材料,使用亲本粳稻(ssp.japonica)日本晴和籼稻(ssp.indica)9311、正反杂交种N9和9N、异源四倍体NN99和99NN S9代的胚和胚乳的转录组数据,探究了杂交和多倍化对可变剪接事件的影响。结果表明,在亲本、杂交种和多倍体中均发生了大量可变剪接事件,但总体上多倍体发生的可变剪接数目最多,杂交种其次,亲本最少。同一材料胚中发生的可变剪接事件数目要多于胚乳。对杂交种的剪接变化模式进行分类发现,在杂交种胚中发生变化的可变剪接事件与亲本相比超亲类型最多,而在胚乳中则是9311显性类型居多。高代多倍体的纯合区段中,可变剪接方式绝大多数都是遗传自其对应二倍体亲本,仅有少数是源自杂交种、另一亲本或者是多倍体中新出现的。杂交种和多倍体中新出现或丢失的可变剪接事件很少,其剪接水平与亲本相比,大多数都表现为差异。正反杂交种之间、异源多倍体之间、组织之间剪接调控模式都有所不同。这些结果表明,可变剪接是极其复杂的调控过程,具有较强的组织特异性。高代多倍体纯合区段更多继承了其二倍体亲本固有的状态。而杂交种中的剪接水平呈现更多的超亲现象可能与杂种优势有关。也就是说,在转录后发生的可变剪接的超亲变化可能是杂种优势形成的原因之一。