改革开放以来，随着社会主义市场经济体制的逐步建立和农村经济的不断发展，农户的小生产与大市场之间的矛盾越来越突出。党的十六大提出了全面建设小康社会的战略目标，重点和难点在农村。我国目前达到的小康水平低，不全面，不平衡，差距主要在农村。农村劳动生产率低，农村生产力水平不高，社会事业发展落后，农民增收缓慢。特别是中国加入WTO后，农业的发展面临国内外双重挑战。解决中国农村经济发展中的这些问题，有很多途径和办法，发展农民专业合作组织是其中的一个重要途径。 公共治理理论宣扬社会治理主体的多元化，崇尚治理和善治，认为农民专业合作组织是农村社会管理的主体之一，其存在有利于弥补政府失灵和市场失灵。西藏自治区因其特殊的历史、地理、及社会情况，经济发展相对滞后，因而，建立和完善农牧民专业合作组织有其特殊的重要意义。西藏自治区农牧民专业合作组织兴起是农村市场经济发展和基层政府治理方式变迁相互作用的结果。随着市场经济不断完善，社会主义新农村建设的开展，农牧民专业合作组织在农村经济、政治、文化等方面日益发挥出举足轻重的作用。然而，由于市场经济不完善，政府治理存在偏差，西藏自治区农牧民专业合作组织面临阻碍其长远发展的因素，政府应采取措施，行之有效地解决问题，促其健康发展。 本文从公共治理的角度出发，立足于社会主义新农村建设和转变政府职能，建设服务型政府两大背景，对西藏自治区农牧民专业合作组织产生的原因、所起的作用、存在的问题进行了全面研究，并在此基础上提出了政策建议即一方面转变政府职能，合理定位政府在农牧民专业合作组织发展中的角色；另一方面加强农牧民专业合作组织的自身建设，从而实现农牧民专业合作组织的健康发展，更好地发挥其经济和社会管理职能。