2001年8月16日,中国证监会颁布《关于在我国上市公司建立独立董事制度的指导意见》,标志着独立董事制度在我国正式确立。独立董事制度引进我国,其主要目的就是期望独立董事能在我国上市公司中发挥独立客观判断的作用,维护公司整体利益,保护中小股东合法权益不受损害。近年来,我国一些上市公司会计信息失真,盈余管理现象十分严重,管理者和大股东侵犯中小股东利益的事例时有发生。独立董事制度是上市公司内部治理结构的重要组成部分,审计是健全上市公司外部治理机制的有效手段,注册会计师发表的审计意见对会计报表的合法性、公允性提供合理保证,两者均作用于上市公司披露的会计信息。因此,研究独立董事制度对非标准审计意见的作用机制并合理评价独立董事制度在我国的实施效果,以此对我国上市公司的公司治理改革提供经验证据和理论支持具有重要意义。本文从审计意见的角度对独立董事制度进行理论分析和实证检验。以沪﹑深两市1129家A股上市公司2001—2007年数据为样本,选择独立董事比例、独立董事年薪、独立董事参加会议次数、上市公司是否设立审计委员会、独立董事受教育背景、独立董事与上市公司工作地点一致性作为自变量,注册会计师对上市公司出具的审计意见类型为因变量构建模型,运用Logistic回归分析法实证检验独立董事制度各相关因素对我国上市公司被出具非标准审计意见的影响。研究得出的结论是:独立董事制度与非标准审计意见之间存在一定相关关系,独立董事设立前后,审计意见类型差异显著。设立独立董事的上市公司收到标准无保留审计意见的概率高于未设立独立董事的上市公司。独立董事比例、上市公司是否设立审计委员会、独立董事受教育背景等均对审计意见的出具存在较为显著的影响。独立董事制度在我国发挥了一定作用,对完善我国上市公司治理结构,改善会计师事务所选聘机制,净化审计市场,提高会计信息质量,为上市公司获得更加真实和公允的标准审计意见做出了贡献。通过从审计意见的角度考察独立董事制度对公司治理的影响,丰富了对独立董事制度的研究。只有在完善独立董事制度本身的同时,积极推动上市公司治理结构的改革,改善公司内外部监督机制,独立董事制度在我国才能发挥积极作用。